hrvatski

Identifikacija i karakterizacija niskozastupljenih satelitnih DNA u genomu vrste Tribolium castaneum

Satelitne DNA su uzastopno ponavljajuće sekvence raširene u heterokromatinskim regijama eukariotskih genoma, a karakterizira ih još uvijek nedovoljno rasvijetljena funkcija. Kukac kestenjasti brašnar Tribolium castaneum je izvrstan modelni organizam koji se desetljećima koristi u molekularnim istraživanjima. Genom vrste T. castaneum sekvenciran je prije deset godina pristupom „shotgun“, no u sastavljenom dijelu genoma nedostaje 20% ukupne DNA primarno sastavljene od satelitnih sekvenca. U ovom radu genom vrste T. castaneum sekvenciran je tehnologijom sekvenciranja nove generacije (NGS) kako bi se pronašle dosad neotkrivene satelitne DNA. U analizi satelitoma korišten je bioinformatički alat TAREAN koji omogućava detekciju potencijalnih satelitnih sekvenca na temelju kratkih, neposloženih NGS sljedova. Bioinformatičkom analizom utvrđena su tri moguća satelita: TCst154, TCst266 i TCst309, koji nisu bili detektirani u prethodnim istraživanjima. Premda ova tri satelita čine mali udio u genomu (<0, 5%), njihova uzastopno ponovljena organizacija uspješno je dokazana metodom Southern blot. Metodom fluorescencijske hibridizacije in situ također je određena njihova kromosomska lokalizacija. Kombinirajući bioinformatičke alate i eksperimentalne metode, ovim je istraživanjem potvrđena primjenjivost kratkih, neposloženih NGS sljedova u otkrivanju nisko zastupljenih satelita, a također je proširena i spoznaja o sadržaju satelitoma vrste T. castaneum.

Tribolium castaneum, satelitna DNA, sekvenciranje nove generacije

nije evidentirano