hrvatski

Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja

Zadatak završnog rada alat je za provjeru mogućnosti sastavljanja genoma za dani skup očitavanja. Alat se radi u svrhu validacije skupa očitanja prilikom sastavljanja genoma te izačuna omjera duljina novo sastavljenog slijeda i početne reference. Problem je riješen korištenjem programskog jezika C++ te alata Minimap i Gepard. U samom programu korišteni su algoritmi Sweep line i BFS za filtraciju podataka, odnosno za obilazak grafa. Implementirano je rješenje zadovoljavajuće riješilo zadani problem, a njegova poboljšanja mogla bi se napraviti drugačijim parametrima pri ocjenjivanju kvalitete mapiranja ili korištenjem drugih alata.

C++, Minimap, Gepard, mapiranje, očitanje, graf, BFS, algoritam, Python, bash

nije evidentirano