hrvatski

Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova

Pretraga baza proteinskih sljedova jedan je od glavnih problema bioinformatike. Do sada su razmatrane razne determinističke i heurističke metode za rješavanje ovog problema. Determinističke metode daju optimalne rezultate, ali su vrlo spore. Heurističke metode mnogo su brže, ali ne pronalaze optimalne rezultate. Eksponencijalni rast broja proteinskih sljedova prisilio nas je da više istražujemo heurističke metode. U ovom radu predstavljamo heuristički algoritam za efikasno pretraživanje baze proteinskih sljedova. Algoritam je implementiran u dva koraka. U prvom koraku koristimo heurističku metodu predstavljenu u radu [4] kako bi znatno smanjili prostor pretrage. U drugom koraku koristimo OPAL [10], knjižnicu koja nam pruža implementacije algoritama optimalnog poravnanja.

bioinformatika, heuristički algoritmi, baza proteinskih sljedova

nije evidentirano