hrvatski

Predviđanje ishodišnih stanica raka na temelju organizacije kromatina

Rak je bolest potencirana somatskim mutacijama, koje nisu jednoliko distribuirane duž genoma stanice raka, već se pojedine genomske regije razlikuju u lokalnoj gustoći somatskih mutacija. Pokazano je da je organizacija kromatina jedna od glavnih odrednica genomske raspodjele somatskih mutacija u stanicama raka. Kako su i somatske mutacije i organizacija kromatina tkivno specifične pojave, koristeći metode računalne biologije usporedili smo raspodjelu mutacija u više neovisnih tipova raka s brojnim epigenetskim podacima mjerenim u različitim normalnim tkivima. Pokazali smo da epigenetska svojstva i vrijeme replikacije objašnjavaju do 86% varijance u raspodjeli gustoće mutacija duž genoma različitih tipova raka. Najbolja točnost predviđanja lokalne gustoće somatskih mutacija dobivena je upotrebom epigenetskih svojstava stanica u kojima je proučavani tip raka najvjerojatnije nastao. Uz to, otkrili smo da je moguće točnije predvidjeti raspodjelu mutacija u raku na temelju kromatinske strukture stanica u kojima je rak nastao nego na temelju kromatinske strukture odgovarajućih staničnih linija. Nadalje, pokazali smo da se u skoro 90% slučajeva tip stanica iz kojih je rak nastao može precizno odrediti na temelju raspodjele mutacija u njegovu genomu. Dakle, naši rezultati pokazuju da genom stanica raka obuhvaća mnoštvo informacija o identitetu i epigenetskim obilježjima stanica u kojima je pojedini rak nastao. Taj podatak, pak, može biti izuzetno važan u dijagnozi i tretmanu malignih bolesti.

epigenetska obilježja, genom, rak, somatske mutacije

nije evidentirano