hrvatski

Konformacijska analiza trans-dekalina

Novi postupak potpune konformacijske analize [1], koji uključuje statističku analizu trajektorije molekularne dinamike, primijenjen je na molekuli trans-dekalina. Metoda se zasniva na uzorkovanju struktura u Cartesiusovim ili internim koordinatama provođenjem ab initio molekularne dinamike, redukciji dimenzionalnosti tenzorskom dekompozicijom, određivanju funkcije raspodjele vjerojatnosti u reduciranom prostoru i na kraju na algoritmu pretrage lokalnih maksimuma dobivene funkcije. Iz točaka maksimuma opisane funkcije generiraju se strukture koje se koriste kao početne strukture za optimizacije geometrije. Optimizirane strukture se potom klasteriraju u skup neredundantnih konformera. Potpuna konformacijska analiza provedena je na molekuli trans-dekalina, u vakuumu koristeći semiempirijsku metodu PM7 [2]. Trajektorija od ukupno 10 milijuna točaka generirana je na temperaturi od 1298, 15 K s integracijskim korakom od 0, 5 fs koristeći Velocity-Verlet integracijski algoritam [3]. U analizi trajektorije uzeto je 10 komponenata reduciranog prostora koji zajedno opisuju preko 90 % varijancije sustava te je identificirano ukupno 7 konformera [4]. Konformeri su strukturno ispitani i određena im je zastupljenost u opisu ukupne energije prema Boltzmannovoj raspodjeli pri sobnoj temperaturi.

konformacijska analiza, trans-dekalin, konformer

nije evidentirano