Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 924540

Mehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron


Tomin, Marko; Tomić, Sanja
Mehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron // SIMPOZIJ STUDENATA DOKTORSKIH STUDIJA PMF-a - Knjiga sažetaka / Primožič, Ines (ur.).
Zagreb, Hrvatska, 2018. str. 36-36 (poster, domaća recenzija, sažetak, znanstveni)


Naslov
Mehanizam hidrolize peptidne veze na modelnom sustavu DPP III iz Bacteroides thetaiotaomicron
(Mechanism of the peptide bond hydrolysis in the model active site of Bacteroides thetaiotaomicron DPP III)

Autori
Tomin, Marko ; Tomić, Sanja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
SIMPOZIJ STUDENATA DOKTORSKIH STUDIJA PMF-a - Knjiga sažetaka / Primožič, Ines - , 2018, 36-36

ISBN
978-953-6076-43-7

Skup
Simpozij studenata doktorskih studija PMF-a

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 09. 02. 2017

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Domaća recenzija

Ključne riječi
Dipeptidil-peptidaza III ; DPP III ; reakcijski mehanizam ; QM ; peptidaza
(Dipeptidyl peptidase III ; DPP III ; reaction mechanism ; QM ; peptidase)

Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna metalopeptidaza koja otcjepljuje dipeptide s N-terminusa svojih supstrata. Obzirom na široku supstratnu specifičnost te prisutnost u citosolu pretpostavlja se da sudjeluje u završnim koracima razgradnje proteina u stanici. U viših organizama povezana je s obranom od oksidativnog stresa, te je razumijevanje njene uloge kod oportunih patogena poput B. thetaiotaomicron (Bt) od potencijalnog kliničkog značaja. Modelni sustav sačinjen je od iona cinka, His448 i His453 te Glu476 koji koordiniraju atom cinka, Glu449 koji sudjeluje u hidrolizi, molekule vode te His533 i Tyr309 koji stabiliziraju supstrat. Polazna geometrija priređena je iz prethodno provedenih dugih MD simulacija BtDPP III u kompleksu sa sintetskim supstratom Arg2-naftil-2-amidom. Kao modelni supstrat korišten je CH3CO-Gly-NHCH3. Sustav je opisan korištenjem B97D funkcionala uz 6-31G(d) osnovni skup, dok je ion cinka u aktivnom mjestu opisan ECP skupom LANL2DZ. Ova se metoda pokazala uspješnom u prijašnjim radovima na humanom ortologu. Predloženi mehanizam pokazuje znatne sličnosti s onim određenim za humani enzim3, dok se razlike u energetskim barijerama kvalitativno poklapaju s eksperimentalno određenom slabijom katalitičkom aktivnosti DPP III iz B. thetaiotaomicron. Određivanje mehanizma hidrolize na modelnom sustavu služit će kao polazna točka za buduće kvantno-mehaničke/molekulsko mehaničke račune koji će u razmatranje uključiti cijeli enzim.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
HRZZ-IP-2013-11-7235 - Povezanost fleksibilnosti, aktivnosti i strukture u porodici dipeptidil-peptidaza III (Sanja Tomić, )

Ustanove
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Autor s matičnim brojem:
Sanja Tomić, (113604)
Marko Tomin, (360241)