hrvatski

Istraživanje interakcija između enzima FNR i ITEP domene proteina TROL simulacijama molekularne dinamike

Biljna feredoksin NADP+ oksidoreduktaza (FNR), kao ključan enzim toka elektrona u fotosintezi, obavlja ulogu prijenosa elektrona s reduciranog feredoksina putem kofaktora FAD na NADP+. Vezanje na tilakoidnu membranu, enzim FNR, ostvaruje s pomoću transmembranskih proteina Tic62 i TROL. Dimer enzima FNR veže se na ITEP domenu ovih proteina, a eksperimentalni podaci pokazuju da stabilnost stvorenog proteinskog kompleksa ovisi o pH strome kloroplasta. Cilj ovog rada bio je potvrditi pH ovisnost stabilnosti proteinskog kompleksa dimera enzima FNR i TROL proteina te razjasniti molekularnu osnovu takve pH ovisnosti korištenjem računalnih simulacija molekularne dinamike. U radu su opisane funkcionalno važne mreže vodikovih veza i van der Waalsovih interakcija, te je utvrđen utjecaj na koji promjena u pH okoline, dovodi do promjena u strukturi i stabilnosti proteinskog kompleksa. Uvođenjem in silico mutacija u ITEP domenu proteina TROL, s ciljem destabilizacije prepoznatih nekovalentnih interakcija, provjerena je njihova važnost u pH ovisnoj stabilnosti proteinskog kompleksa. Rezultati istraživanja temeljeni su na simulacijama molekularne dinamike 46 sustava duljine 30 i 40 ns, te uključuje sustave proteinskog kompleksa dimera enzima FNR i ITEP domene proteina TROL, te sustave slobodne ITEP domene proteina TROL. Sustavi su simulirani pri različitim pH.

enzim FNR, protein TROL, ITEP domena, molekularna dinamika, in silico mutacije

nije evidentirano