hrvatski

. Periodičnosti višega reda u NBPF genima u kromosomu 1 čovjeka i neandertalca – sličnosti i različitosti u DUF1220 proteinskim domenama.

S dostupnošću DNK sekvence genoma neandertalca, imamo priliku identifcirati periodičnosti višeg reda i razlike na molekularnom nivou u nama bliskoj vrsti. Mi proučavamo periodičnosti višeg reda tzv. HOR-ove (ponavljanja tandema - uzorka nizova nukleotidnih baza u DNK u tzv. “tail to head” stilu) pomoću računalne metode „Global Repeat Map“ – GRM razvijene u našoj grupi. U ovom radu prikazat ćemo sličnosti i razlike između HORova identiciranih u NBPF obitelji gena, čije aberacije mogu utjecati na razvoj neurodegenerativnih bolesti kao što su šizofrenija, autizam, mikrocefaleja i makrocefaleja . Ti identificirani HOR-ovi zasnovani na tandemu duljine 1540 bp (monomer) tvore HOR strukture 4770 bp. Dobivene divergencije konsenzusnih HOR struktura u NBPF genima između čovjeka i neandertalca je 3.92%, dok su divergencije istih tipova monomera u čovjeka od 0.92. do 2.61% te u neandertalca od 2.32 do 8.49%. Uzimajući prefks i sufks dijelove DNK sekvence duljine 2000 bp od NBPF gena u čovjekovom prvom kromosomu, odredili smo četiri odgovarajuća NBPF gena u neandertalca za koje smo uspoređivali sekvence DUF1220 proteinskih domena. Pomoću Blastx – algoritam za pretragu proteinske baze podataka pomoću translatirane nukleotidne sekvence kao upita, odredili smo divergencije između proteinskog dijela sekvence. Ustanovili smo da pojedini tip monomera pripada pojedinom tipu DUF1220 domena (HLS1-HLS3 - human lineage specific) te da glavnina razlika između ljudskih i neandertalskih DUF1220 domena, amino kiselina, se nalazi u trećem tipu (HLS3) 6.24%, dok je na razini nukleotidne sekvence ta divergencija za sva tri tipa monomera prosječno oko 2, 73% (bez ljudskih monomera iz niza NBPF10). Ukupan broj DUF1220 domena, bez ne podudarajućih nizova HOR-ova, čovjek ih ima 135 (bez niza NBPF19), a neandertalac 149 te prema2 , možemo zaključiti da se skoro sve ljudske DUF1220 domene nalaze u nizovima HOR-ova te da za sparene NBPF nizove, neandertalac ima veći broj tih domena što bi moglo upućivati na odgovor na pitanje zašto je neandertalac imao veću glavu u odnosu na čovjeka, prema prethodnim istraživanjima o mikrocefaleji i makrocefaleji2 tj. da one mogu voditi do pojedinih fenotipskih razlika.

DUF1220 domene, čovjek, Neandertalac, HOR

nije evidentirano