hrvatski

Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela

Strukturu membranskih proteina osjetno je teže eksperimentalno odrediti nego strukturu topljivih proteina. Kako bi se razvio pouzdani model za predviđanje strukture proteina, potrebno je provesti njegovu optimizaciju na što većem (reprezentativnom) skupu membranskih proteina poznatih struktura, međusobnih sličnosti ispod 30%. Postojeći algoritmi za izbor reprezentativnih skupova integralnih membranskih proteina alfa vrste ne koriste informaciju o složenosti strukture, iako se očekuje da će modeli biti pouzdaniji ako su razvijeni na skupu proteina složenijih struktura. Stoga je uveden koncept nasumičnog modela s dvije sekundarne strukture i uočeno da je izraz za procjenu njegove točnosti u vezi sa složenošću strukture. Potom su razvijeni koncepti binomnog i segmentnog nasumičnog modela i izvedeni izrazi za broj mogućih realizacija modelne strukture proteina koji pokazuje analogiju s entropijom. Segmentni nasumični model odgovara strukturi membranskih proteina u kojima više susjednih aminokiselina čini segmente pravilne sekundarne strukture alfa. Broj realizacija modelne strukture segmentnog nasumičnog modela povezan je sa složenošću strukture, i pokazuje značajnu korelaciju s brojem transmembranskih segmenata. To je ugrađeno u razvijene algoritme, a najbolji je temeljen na originalnoj analizi broja zajedničkih susjeda između proteina u početnom skupu. Primjene tih algoritama na baze membranskih proteina poznate strukture daju veće reprezentativne skupove značajno složenijih struktura od onih iz literature.

algoritam ; integralni membranski protein ; izbor proteina ; matrica sličnosti ; nasumični model ; reprezentativni skup ; složenost strukture proteina ; transmembranski segment

nije evidentirano