Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 917533

Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela


Batista, Jadranko
Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela, 2018., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Odjel za fiziku, Split


CROSBI ID: 917533 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela
(Selection of representative set of membrane proteins of known structure: development of improved algorithms using the random model concept)

Autori
Batista, Jadranko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet, Odjel za fiziku

Mjesto
Split

Datum
05.01

Godina
2018

Stranica
176

Mentor
Lučić, Bono

Ključne riječi
algoritam ; integralni membranski protein ; izbor proteina ; matrica sličnosti ; nasumični model ; reprezentativni skup ; složenost strukture proteina ; transmembranski segment
(algorithm ; integral membrane protein ; selection of proteins ; similarity matrix ; random model, representative set ; protein structure complexity ; transmembrane segment)

Sažetak
Strukturu membranskih proteina osjetno je teže eksperimentalno odrediti nego strukturu topljivih proteina. Kako bi se razvio pouzdani model za predviđanje strukture proteina, potrebno je provesti njegovu optimizaciju na što većem (reprezentativnom) skupu membranskih proteina poznatih struktura, međusobnih sličnosti ispod 30%. Postojeći algoritmi za izbor reprezentativnih skupova integralnih membranskih proteina alfa vrste ne koriste informaciju o složenosti strukture, iako se očekuje da će modeli biti pouzdaniji ako su razvijeni na skupu proteina složenijih struktura. Stoga je uveden koncept nasumičnog modela s dvije sekundarne strukture i uočeno da je izraz za procjenu njegove točnosti u vezi sa složenošću strukture. Potom su razvijeni koncepti binomnog i segmentnog nasumičnog modela i izvedeni izrazi za broj mogućih realizacija modelne strukture proteina koji pokazuje analogiju s entropijom. Segmentni nasumični model odgovara strukturi membranskih proteina u kojima više susjednih aminokiselina čini segmente pravilne sekundarne strukture alfa. Broj realizacija modelne strukture segmentnog nasumičnog modela povezan je sa složenošću strukture, i pokazuje značajnu korelaciju s brojem transmembranskih segmenata. To je ugrađeno u razvijene algoritme, a najbolji je temeljen na originalnoj analizi broja zajedničkih susjeda između proteina u početnom skupu. Primjene tih algoritama na baze membranskih proteina poznate strukture daju veće reprezentativne skupove značajno složenijih struktura od onih iz literature.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika, Kemija



POVEZANOST RADA


Projekti:
Croatia - basic grant
MZO
Zaklada HAZU
098-1770495-2919 - Razvoj metoda za modeliranje svojstava bioaktivnih molekula i proteina (Lučić, Bono, MZOS ) ( POIROT)

Ustanove:
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Profili:

Avatar Url Bono Lučić (mentor)

Citiraj ovu publikaciju

Batista, Jadranko
Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela, 2018., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Odjel za fiziku, Split
Batista, J. (2018) 'Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj poboljšanih algoritama uporabom koncepta nasumičnog modela', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Odjel za fiziku, Split.
@phdthesis{phdthesis, author = {Batista, J.}, year = {2018}, pages = {176}, keywords = {algoritam, integralni membranski protein, izbor proteina, matrica sli\v{c}nosti, nasumi\v{c}ni model, reprezentativni skup, slo\v{z}enost strukture proteina, transmembranski segment}, title = {Izbor reprezentativnog skupa membranskih proteina poznate strukture: razvoj pobolj\v{s}anih algoritama uporabom koncepta nasumi\v{c}nog modela}, keyword = {algoritam, integralni membranski protein, izbor proteina, matrica sli\v{c}nosti, nasumi\v{c}ni model, reprezentativni skup, slo\v{z}enost strukture proteina, transmembranski segment}, publisherplace = {Split} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Batista, J.}, year = {2018}, pages = {176}, keywords = {algorithm, integral membrane protein, selection of proteins, similarity matrix, random model, representative set, protein structure complexity, transmembrane segment}, title = {Selection of representative set of membrane proteins of known structure: development of improved algorithms using the random model concept}, keyword = {algorithm, integral membrane protein, selection of proteins, similarity matrix, random model, representative set, protein structure complexity, transmembrane segment}, publisherplace = {Split} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font