Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 905910

Proračun energije solvatacije u simulacijama molekularne dinamike


Baljkas, Marija; Primorac, Tomislav; Požar, Martina; Sokolić, Franjo; Zoranić, Larisa
Proračun energije solvatacije u simulacijama molekularne dinamike // Deseti znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva - knjiga sažetaka. / Smolčić, Vernesa ; Ban, Ticijana ; Bilušić, Ante ; Horvatić, Vlasta ; Jelić, Vibor ; Karuza, Marin ; Kralj, Marko ; Kumerički, Krešimir ; Nesti, Fabrizio ; Stanić, Denis (ur.).
Zagreb: Hrvatsko fizikalno društvo, 2017. str. 91-91 (poster, podatak o recenziji nije dostupan, sažetak, znanstveni)


Naslov
Proračun energije solvatacije u simulacijama molekularne dinamike
(Solvation free energy calculations in molecular dynamics simulations)

Autori
Baljkas, Marija ; Primorac, Tomislav ; Požar, Martina ; Sokolić, Franjo ; Zoranić, Larisa

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Deseti znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva - knjiga sažetaka. / Smolčić, Vernesa ; Ban, Ticijana ; Bilušić, Ante ; Horvatić, Vlasta ; Jelić, Vibor ; Karuza, Marin ; Kralj, Marko ; Kumerički, Krešimir ; Nesti, Fabrizio ; Stanić, Denis - Zagreb : Hrvatsko fizikalno društvo, 2017, 91-91

ISBN
78-953-7178-21-5

Skup
Deseti znanstveni sastanak Hrvatskog fizikalnog društva

Mjesto i datum
Baška, Hrvatska, 11-13.10.2017.

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Podatak o recenziji nije dostupan

Ključne riječi
Slobodna-energija-solvatacije ; molekularna-dinamika ; modeli-vode ; metanol ; alkani
(Solvation-free-energy ; molecular-dynamics ; water-models ; methanol ; alkanes)

Sažetak
Sve brži napredak tehnologije je doprinio da se računalne simulacije prometnu u bitan aspekt znanstvenog rada, usporedo teorijskim i eksperimentalnim metodama. Simulacije molekularne dinamike daju uvid u mikroskopsko ponašanje sustava koje u eksperimentu opažamo preko mjerivih makroskopskih veličina. U ovom radu metodom termodinamičke integracije računala se energija solvatacije alkana [1], s ciljem razumijevanja otapanja nepolarnih molekula u polarnom i amfifilnom mediju. Korišten j eprogramski paket za molekularnu dinamiku Gromacs[2]. Simulirani su alkani: metan, etan, propan i butan u vodi i u metanolu. TIP4P/2005 [3] model za vodu se pokazao najboljim u reproduciranju kvalitativnog ponašanja ovisnosti slobodne energije solvatacije o veličini alkana, što je u skladu s podacima iz literature [4]. Vrlo su zanimiljivi trendovi ponašanja otapanja alkana u vodi, budući da ne pokazuju monotonost. Krivulja ovisnosti energije solvatacije o temperaturi alkana u metanolu pokazuje maksimum, što ukazuje na kompeticijske doprinose. Maksimum je najuočljiviji za metan te s produljenjem lanca alkana postaje sve manje izražen i pomaknut prema višim temperaturama. Ovi rezultati također pokazuju da se veći alkani lakše otapaju u metanolu što se može objasniti formiranjem lančastih struktura metanola unutar samog sustava. Simulacije i eksperimentalni rezultati pokazuju kvalitativno slaganje. [1] Frenkel, D. & Smit, B. Understanding Molecular Simulation. Understanding Molecular Simulation 638 (2002). doi:10.1016/B978-012267351-1/50006-7 [2] Gromacs, About Gromacs, July 2017. , http://www.gromacs.org/About_Gromacs [3] Abascal, J. L. & Vega, C. A general purpose model for the condensed phases of water: TIP4P/2005. The Journal of chemical physics 123, 234505 (2005). [4] Vega, C. & Abascal, J. L. F. Simulating water with rigid non-polarizable models: a general perspective. Physical Chemistry Chemical Physics 13, 19663 (2011)

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
HRZZ-UIP-2013-11-4514 - Formacija i destrukcija domena u vodenim otopinama (Larisa Zoranić, )

Ustanove
Prirodoslovno-matematički fakultet, Split