hrvatski

Razvitak mikrosatelitnih biljega dalmatinskog buhača pomoću sekvenciranja visoke propusnosti

Mikrosatelitni biljezi su najčešće korišteni molekularni biljezi za analizu genetske raznolikosti i populacijske strukture biljnih vrsta. Standardna metoda za razvitak mikrosatelitnih biljega uključuje izradu genomne knjižnice obogaćene ponavljajućim motivima, te probir knjižnice hibridizacijom. Prethodni pokušaji razvitka mikrosatelitnih biljega za dalmatinski buhač (Tanacetum cinerariifolium /Trev./ Schultz Bip. ; Asteraceae) pomoću standardne metode nisu bili uspješni, vjerojatno zbog vrlo velikog genoma ove vrste. Stoga je u tu svrhu korištena metoda sekvenciranja nove generacije. Sekvenciranje pomoću sustava Illumina NextSeq provedeno je u svrhu generiranja uparenih očitanja duljine 150 parova baza (pb). Dobiveno je više od 6 milijuna očitanja visoke kakvoće od kojih je sastavljeno 35, 758 kontiga prosječne duljine od 348 pb. Pronađeno je ukupno 1, 169 mikrosatelitnih sekvenci, a najčešće su bile di- (77.33% ; 904 lokusa) i trinukleotidne (14.54% ; 170 lokusa). Izrađene su početnice za lančanu reakciju polimerazom koje omeđuju mikrosatelitna ponavljanja za 40 sekvenci. Novorazvijeni mikrosatelitni biljezi bit će od velike koristi u budućim istraživanjima populacijske genetike dalmatinskog buhača.

Tanacetum cinerariifolium ; biljni genetski izvori ; sekvenciranje nove generacije ; sastavljanje genoma ; jednostavne ponavljajuće sekvence

nije evidentirano