Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 904997

Razvitak mikrosatelitnih biljega dalmatinskog buhača pomoću sekvenciranja visoke propusnosti


Varga, Filip; Liber, Zlatko; Jakše, Janez; Šatović, Zlatko; Radosavljević, Ivan; Grdiša, Martina
Razvitak mikrosatelitnih biljega dalmatinskog buhača pomoću sekvenciranja visoke propusnosti // 10. međunarodni kongres Oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo / Matotan, Zdravko ; Haramija, Josip (ur.).
Zagreb: Hrvatsko agronomsko društvo, 2017. str. 106-107 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)


CROSBI ID: 904997 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Razvitak mikrosatelitnih biljega dalmatinskog buhača pomoću sekvenciranja visoke propusnosti
(Development of microsatellite markers for dalmatian pyrethrum using high-throughput sequencing)

Autori
Varga, Filip ; Liber, Zlatko ; Jakše, Janez ; Šatović, Zlatko ; Radosavljević, Ivan ; Grdiša, Martina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
10. međunarodni kongres Oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo / Matotan, Zdravko ; Haramija, Josip - Zagreb : Hrvatsko agronomsko društvo, 2017, 106-107

Skup
10. međunarodni kongres Oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo

Mjesto i datum
Sv. Martin na Muri, Hrvatska, 08.-10.11.2017

Vrsta sudjelovanja
Predavanje

Vrsta recenzije
Međunarodna recenzija

Ključne riječi
Tanacetum cinerariifolium ; biljni genetski izvori ; sekvenciranje nove generacije ; sastavljanje genoma ; jednostavne ponavljajuće sekvence
(Tanacetum cinerariifolium ; plant genetic resources ; next generation sequencing ; genome assembly ; simple sequence repeat markers)

Sažetak
Mikrosatelitni biljezi su najčešće korišteni molekularni biljezi za analizu genetske raznolikosti i populacijske strukture biljnih vrsta. Standardna metoda za razvitak mikrosatelitnih biljega uključuje izradu genomne knjižnice obogaćene ponavljajućim motivima, te probir knjižnice hibridizacijom. Prethodni pokušaji razvitka mikrosatelitnih biljega za dalmatinski buhač (Tanacetum cinerariifolium /Trev./ Schultz Bip. ; Asteraceae) pomoću standardne metode nisu bili uspješni, vjerojatno zbog vrlo velikog genoma ove vrste. Stoga je u tu svrhu korištena metoda sekvenciranja nove generacije. Sekvenciranje pomoću sustava Illumina NextSeq provedeno je u svrhu generiranja uparenih očitanja duljine 150 parova baza (pb). Dobiveno je više od 6 milijuna očitanja visoke kakvoće od kojih je sastavljeno 35, 758 kontiga prosječne duljine od 348 pb. Pronađeno je ukupno 1, 169 mikrosatelitnih sekvenci, a najčešće su bile di- (77.33% ; 904 lokusa) i trinukleotidne (14.54% ; 170 lokusa). Izrađene su početnice za lančanu reakciju polimerazom koje omeđuju mikrosatelitna ponavljanja za 40 sekvenci. Novorazvijeni mikrosatelitni biljezi bit će od velike koristi u budućim istraživanjima populacijske genetike dalmatinskog buhača.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Poljoprivreda (agronomija)



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
CoE CroP-BioDiv
HRZZ-IP-2016-06-9034 - Genetska osnova insekticidnog potencijala dalmatinskog buhača (Tanacetum cinerariifolium /Trevir./ Sch. Bip.) (Martina Grdiša, HRZZ)

Ustanove
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb,
Agronomski fakultet, Zagreb

Citiraj ovu publikaciju

Varga, Filip; Liber, Zlatko; Jakše, Janez; Šatović, Zlatko; Radosavljević, Ivan; Grdiša, Martina
Razvitak mikrosatelitnih biljega dalmatinskog buhača pomoću sekvenciranja visoke propusnosti // 10. međunarodni kongres Oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo / Matotan, Zdravko ; Haramija, Josip (ur.).
Zagreb: Hrvatsko agronomsko društvo, 2017. str. 106-107 (predavanje, međunarodna recenzija, sažetak, znanstveni)
Varga, F., Liber, Z., Jakše, J., Šatović, Z., Radosavljević, I. & Grdiša, M. (2017) Razvitak mikrosatelitnih biljega dalmatinskog buhača pomoću sekvenciranja visoke propusnosti. U: Matotan, Z. & Haramija, J. (ur.)10. međunarodni kongres Oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo.
@article{article, year = {2017}, pages = {106-107}, keywords = {Tanacetum cinerariifolium, plant genetic resources, next generation sequencing, genome assembly, simple sequence repeat markers}, title = {Development of microsatellite markers for dalmatian pyrethrum using high-throughput sequencing}, keyword = {Tanacetum cinerariifolium, plant genetic resources, next generation sequencing, genome assembly, simple sequence repeat markers}, publisher = {Hrvatsko agronomsko dru\v{s}tvo}, publisherplace = {Sv. Martin na Muri, Hrvatska} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font