hrvatski

Ekspresija i identifikacija novih proteina djelomično neuređene tercijarne strukture (IDP) iz biljke uročnjak (Arabidopsis thaliana) nakon izlaganja abiotičkom stresu

Nativno neuređeni proteini i proteinske regije (​ engl​ . intrinsically disordered proteins/regions, IDP/IDR) pripadaju nedavno priznatoj skupini proteina koji su biološki aktivni usprkos nedostatku jasno definirane trodimenzionalne strukture. Za razliku od globularnih proteina, IDP u nativnom stanju ne posjeduju jedinstvenu stabilnu strukturu, već fluktuirajući skup strukturnih konformacija pogodan u staničnoj signalizaciji, stabilizaciji proteina i drugim adapterskim funkcijama. U eukariotima, IDP imaju važnu ulogu u odgovoru na abiotski stres. Abiotski stres u biljaka negativno utječe na rast i prinos, i u interesu čovjeka je da se saznaju molekularni mehanizmi njegovog djelovanja. Kako je otkrivanje IDP i njihove funkcije u biljkama u vrlo ranom stadiju, cilj ovog istraživanja bila je identifikacija i karakterizacija novih IDP u modelnoj biljci Arabidopsis thaliana ​ izloženoj abiotskom stresu hladnoće​ . U izolaciji IDP korišteno je toplinsko razdvajanje pri 99°C pri čemu većina globularnih proteina precipitira. IDP i preostali globularni proteini su dodatno razdvojeni nativnom i denaturirajućom dvodimenzionalnom poliakrilamidnom elektroforezom s 8M urejom. Denzitometrijska analiza proteina ukazala je da u biljaka tretiranih hladnoćom deset proteina nedostaje te da je došlo do povećanja ekspresije 4 proteina i smanjenja ekspresije jednog proteina u odnosu na kontrolu. Masenom spektrometrijom identificirano je ukupno 40 proteinskih mrlja, unutar kojih je pronađeno 29 različitih proteina. Primarna struktura identificiranih proteina analizirana je s tri najkvalitetnija bioinformatička alata za procjenu neuređenosti proteina: PrDOS, DISOPRED3 i MFDp2. Prema njihovom konsenzusu 12 proteina je klasificirano kao IDP. Prema rječniku Gene Ontology za većinu identificiranih proteina dokazana je uloga u abiotskom stresu i to vezivanjem na razne vrste bioloških molekula. Njihova lokalizacija upućuje na kloroplaste, mitohondrije i jezgru. S obzirom na vrlo mali broj dosad okarakteriziranih biljnih IDP, 12 noovotkrivenih IDP predstavlja značajan doprinos trenutnom znanju o ulozi neuređenosti proteina u biljaka. Naše istraživanje prvo je ovakve vrste provedeno u Republici Hrvatskoj. Kao prvo proteomsko istraživanje IDP na biljnom organizmu ova studija predstavlja značajan pomak za čitavo područje IDP

​ adapterske molekule, šaperoni, procjenitelji neuređenosti, stres hladnoća

nije evidentirano