hrvatski

Analiza strukture populacije goveda multivarijatnom metodom na temelju markera visoke rezolucije

Struktura populacije važna je za populacijsku genetiku, posebice u asocijacijskim studijama cijelog genoma, budući da "skrivena" struktura populacije može utjecati na kvalitetu i rezultat analize. Najčešće korištene mjere za proučavanje strukture populacije na fiksacijski indeks FIT (odstupanje frekvencija genotipova od Hrdy- Weinberg ravnoteže unutar subpopulacija), FIS (prosječno odstupanje od Hardy-Weinberg ravnoteže unutar subpopulacije) i FST (proporcija genetske raznolikosti zbog razlike u frekvencijama alela između subpopulacije). Analiza glavnih sastavnica (Principal Component Analysis, PCA) je metoda za proučavanje strukture populacije s obzirom na genetske podatke koja sažima cjelokupnu varijabilnost između jedinki (unutar grupe i između grupa). Cilj ovog rada bio je istražiti strukturu populacije goveda svijeta s obzirom na njihovu proizvodnu namjenu, pri čemu su uzete u obzir i varijable pripadnosti vrsti te geografskoj pripadnosti kako bi se bolje razumjela cjelokupna struktura. Struktura je istražena korištenjem informacije markera visoke rezolucije (Illumina BovineSNP50K BeadChip). Informacije su se obradile metodom analize glavnih sastavnica, a varijabilnost podataka je objašnjena analizom varijance (ANOVA). Grupiranje jedinki s obzirom na uporabnu kategoriju nije vidljivo na većini grafičkih prikaza na PC na jedinke, kao niti na grafičkim prikazima na PC pasmine. Najveći postotak varijabilnosti između SNP-ova je objašnjen na modelima ANOVA-e u koje su uključene komponente proizvodne namjene, geografske pripadnosti te njihove interakcije.

struktura populacije, fiksacijski indeksi, analiza glavnih sastavnica, proizvodna namjena

nije evidentirano