hrvatski

"Next generation sequencing" u dijagnostici virusa i viroida vinove loze

Zbog male veličine te nemogućnosti umnažanja izvan stanice domaćina virusi i viroidi predstavljaju patogene čije istraživanje i detekcija je znatno otežana. Konvencionalne metode detekcije (serološke, molekularne, biološke) razvijene u zadnjih nekoliko desetljeća, osim što su ciljane na konkretnog patogena, često nisu učinkovite u slučaju kad je oboljenje izazvano novim patogenom i/ili kombinacijom patogena koji genetski nisu slični već ranije opisanima. Sekvenciranje nove generacije (eng. Next Generation Sequencing, skraćeno NGS) omogućuje direktnu detekciju i identifikaciju virusa i viroida bez ili uz vrlo ograničeno znanje o njihovom genomu. Primjenom NGS dobiva se velik broj podataka (milijuni sekvenci), a osnovni izazov leži u njihovoj pravilnoj obradi i interpretaciji. Dva su osnovna pristupa u analizi sekvenci: mapiranje (usporedba) sa poznatim patogenima čiji podaci o genomu se nalaze u različitim bazama podataka (GenBank, ENA, DDBJ) ili de novo sastavljanje genoma iz sekvenciranih podataka te njihova identifikacija. Posebnu prednost predstavlja mogućnost naknadne analize sekvenci bez potrebe čuvanja analita (biljno tkivo, produkti laboratorijskih analiza itd.). Zbog svoje brzine, pouzdanosti, širokog spektra te sve veće cjenovne pristupačnosti sekvenciranje nove generacije zauzima sve važnije mjesto u inspekcijskim i karantenskim službama te u dijagnostici, epidemiologiji i kontroli biljnih patogena. U radu će biti prikazani rezultati dobiveni korištenjem Illumina HiSeq4000 platforme na setu od četiri uzorka vinove loze (sorte Babica, Dobričić, Ljutun i Vlaška) s područja Kaštela. Rezultati dobiveni mapiranjem, de novo te korištenjem različitih programskih paketa (Truffle, VirFind) naknadno su provjereni serološkim i molekularnim metodama. Poseban naglasak bit će na prednostima i nedostacima NGS metode u dijagnostici virusa i viroida vinove loze.

sekvenciranje, vinova loza, virus, viroid

nije evidentirano