hrvatski

Neki statistički aspekti prepoznavanja motiva

U ovom diplomskom radu analiziramo distribuciju maksimalnih scorova dobivenih za stvarni enzim iz familije GDSL hidrolaza na biljci A. thaliani. Tema nas je zaintrigirala zbog činjenice što takva distribucija ne odgovara Gumbelovoj distribuciji iz familije distribucija ekstremnih vrijednosti koja je teorijski opravdana. Izračunavamo scorove za upit koristeći se metodom klizećeg prozora i specifičnom matricom težina i analiziramo njihovu distribuciju. Ono što primjećujemo je da uz određenu korekciju scorova s obzirom na duljinu niza nad kojim su izračunati, uspijevamo dobiti Gumbelovu razdiobu. Na kraju provjeravamo kako je korekcija utjecala na scorove pozitivaca, odnosno onih enzima za koje znamo da su u funkcionalnoj vezi s našim enzimom čije smo varijante željeli pronaći u proteomu biljke. To je od iznimne važnosti prvenstveno zbog činjenice što želimo da korekcijom oni enzimi koji su u vezi sa upitom i dalje imaju veći score od onih koji nisu. Pokaže se da naša korekcija ne kvari takav odnos.

PSSM, poravnanje motiva, Gumbelova razdioba

nije evidentirano