hrvatski

Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja

U vrijeme brzog razvoja tehnologija sekvenciranja DNA, sve je veća potreba za sastavljanjem istih. Ovaj rad se bavi implementacijom modernih metoda za otkrivanje preklapanja DNA očitanja kao dio OLC (engl. overlap–layout–consensus) pristupa problemu. Primjenom FM-indeksa baziranog na valićnim stablima i uporabom sufiksnog filtra za traženje kandidata preklapanja, napravljena je uspješna C++ implementacija. Iako originalno namjenjen za testiranje na PacBio očitanjima, rezultati su pokazali da je metoda prikladnija s manjom pogreškom.

De novo sastavljanje genoma; FM-indeks; sufiks filtar

nije evidentirano