hrvatski

Alat za poravnanje dugackih očitanja

Poravnavanje bioloških sljedova predstavlja jedan od najstarijih i najviše istraživanih problema u bioinformatici. Cilj je identificirati slične regije koje mogu predstavljati funkcionalnu, strukturalnu ili evolucijsku vezu izmedu dvaju organizama. Neprekidnim razvojem tehnologije napreduju i uređaji za sekvenciranje te su moguća sve duža ocitanja. Javlja se potreba za razvojem alata koji ce moći poravnati takva dugačka očitanja koja potencijalno mogu imati i visok postotak greške. U ovom radu je predloženo jednostavno rješenje koje problem svodi na problem izdvajanja iz ulaznog slijeda kandidatnih regija korištenjem vrijednosti LCSk++ dvaju podnizova. U radu je dat algoritam, implementacijski detalji razvijenog alate te usporedba s postojecim alatima.

bioinformatika; poravnanje; dugačka očitanja; LCSk++; sufiksno polje

nije evidentirano