hrvatski

Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze

Enzimi leucil-tRNA-sintetaze (LeuRS) kovalentno vežu leucin na tRNALeu. Osim leucina, LeuRS na tRNALeu mogu prenositi i nepripadne aminokiseline, pri čemu je najveća prijetnja točnosti te reakcije neproteinogeni norvalin. Iz tog razloga LeuRS posjeduje mehanizme za popravak pogreške. Većina popravka odvija se nakon prijenosa aminokiseline na tRNA u zasebnoj domeni za popravak pogreške. Kako bismo odgovorili na pitanje diskriminira li domena za popravak Leu-tRNALeu na temelju vezanja, kao što je dosad smatrano, ili kinetike, provedene su simulacije molekularne dinamike (MD) divljeg tipa i mutanta T252A, za koji je poznato da hidrolizira Leu-tRNALeu, s analozima supstrata leucil- i norvalil-2'- adenozinom u domeni za popravak pogreške. Naši rezultati sugeriraju da vezanje leucina u konformaciji opisanoj torzijskim kutem N-Cα-Cβ- Cγ od oko ±180° uzrokuje kaskadu događaja koja dovodi do udaljavanja katalitičke vode od veze koja se hidrolizira i do smanjenog vremenskog udjela koji ona provodi u aktivnom mjestu tijekom simulacije. Ovo se ne odvija kod simulacija T252A mutanta, kao ni kod simulacija T252S i T252V mutanata. Kinetički rezultati sugeriraju da mutanti T252S i T252V akumuliraju Leu-tRNALeu kao i divlji tip enzima, što je donekle u neslaganju s rezultatima dobivenim MD simulacijama.

leucil-tRNA-sintetaza ; Escherichia coli ; mehanizam popravka pogreške ; mehanizam diskriminacije supstrata ; simulacije molekularne dinamike ; kinetika aminoaciliranja

nije evidentirano