hrvatski

Iščitavanje reverzne translacije sekvenciranjem peptida de novo tehnikama tandemne spektrometrije masa

Sekvenciranje peptida i proteina de novo korišteno je kao alat za reverzno išcitavanje translacije. Pri tome je nedvojbeno sekvenciranje de novo omogućeno selektivnim obilježavanjem N-kraja peptida 5-formil-1, 3- benzen-di-sulfonicnom kiselinom prije analize tandemnom spektrometrijom masa. Opisana kemijska modifikacija usmjerava fragmentaciju peptidnih iona ka disocijaciji peptidne veze prilikom kolizijom inducirane disocijacije u spektrometru masa. Nastali fragmentni ioni b- serije detektiraju se u negativnom nacinu rada spektrometra masa, a fragmentni ioni y-serije detektiraju se u pozitivnom nacinu spektrometra masa. Stoga je, za isti peptid, aminokiselinski slijed išcitan iz spektra snimljenog u pozitivnom nacinu rada spektrometra masa moguce dodatno provjeriti išcitavanjem iz spektra snimljenog pri negativnom nacinu rada spektrometra masa (tzv. nedvojbeno sekvenciranje peptida de novo). Jedna od primjena ovakvog nacina sekvenciranja de novo je i identifikacija proteina, koja se provodi pretragom, iz spektra išcitane sekvence peptida, u bazi podataka, odnosno išcitavanjem reverzne translacije. Disertacija prikazuje primjenjivost, pouzdanost i tocnost kao i komparativnu prednost novorazvijene de novo tehnike nad klasicnim tehnikama identifikacije proteina.

sekvenciranje de novo / identifikacija proteina / kemijski akivirana fragmentacija / tandemna spektrometrija masa / 5-formil-1 ; 3-benzen-di-sulfonica kiselina

nije evidentirano