engleski

BIOINFORMATICS ANALYSIS OF ALKANE 1-MONOOXYGENASES DISCOVERED IN METAGENOMIC SAMPLES OF SEDIMENT FROM THE ADRIATIC SEA

Istraživanje je provedeno s ciljem funkcionalne karakterizacije dviju vjerojatnih AlkB monooksigenaza otkrivenih u metagenomskom uzorku morskog sedimenta prikupljenog iz pristaništa za tankere u Puli gdje postoji selektivni pritisak alkana iz nafte na mikroorganizme tog staništa. Filogenetska analiza vjerojatnih AlkB monooksigenaza je provedena u programu MEGA 6 kojom se utvrdio evolucijski međuodnos potencijalnih AlkB monooksigenaza iz metagenomskog uzorka i već opisanih AlkB enzima dostupnih u bazama podataka. Funkcionalna karakterizacija je provedena pomoću resursa: CDD, InterPro i UniProt. Funkcionalnom analizom je potvrđeno pripadanje enzima alkan 1-monooksigenazama i određena su aktivna mjesta. Strukturno modeliranje je izvršeno pomoću SWISS-MODEL i I-TASSER web servisa za 3D modeliranje. Neuspješno 3D modeliranje pripisuje se nedostatku homolognih proteina kojima je eksperimentalno određena struktura.

alkB; alkanes; characterization; phylogeny

nije evidentirano