In silico karakterizacija metagenomskih alkan 1-monooksigenaza (CROSBI ID 402135)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Oršolić, Davor
Žučko, Jurica
Diminić, Janko
hrvatski
In silico karakterizacija metagenomskih alkan 1-monooksigenaza
Cilj istraživanja bio je provesti filogenetsku analizu, funkcionalnu karakterizaciju i trodimenzionalno strukturno modeliranje hipotetskih alkan monooksigenaza iz metagenomske knjižnice sastavljene iz umjereno onečišćenog uzorka sakupljenog iz sedimenta lučnog sidrišta u Puli. Filogenetska analiza provedena je s pomoću MEGA programa, te je dala hipotetski prikaz evolucijske povezanosti između proteina. Funkcionalnom karakterizacijom putem UniProt, InterPro i CD baze podataka potvrđena je pripadnost ispitivanih proteina alkan 1-monooksigenazama, dok strukturno modeliranje s pomoću SWISS-MODEL i I-TASSER web servisa nisu dali značajne rezultate niti za jedan od proteina. Neuspjelost strukturnog modeliranja pripisana je nedostatku homolognih proteina s eksperimentalno određenom trodimenzionalnom strukturom.
alkB; metagenomska knjižnica; karakterizacija; filogenetsko stablo; razgradnja alkana
nije evidentirano
engleski
In silico characterisation of metagenomic alkane 1-monooxygenases
nije evidentirano
alkB; metagenomic library; characterization; phylogenetic tree; alkane degradation
nije evidentirano
Podaci o izdanju
40
28.09.2015.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prehrambeno-biotehnološki fakultet
Zagreb
