engleski

COMPARATIVE ANALYSIS OF PHYTOPLASMA GENOMES: FROM GENOME INSTABILITY TO HOST ADAPTATION

Fitopatogene bakterije roda ‘Candidatus Phytoplasma’ malih su genoma koji su kroz dinamičnu koevoluciju s biljnim domaćinima i kukcima-vektorima doživjeli specifične gubitke i dobitke gena. Još uvijek ih nije moguće uzgojiti u čistoj kulturi in vitro. Unatoč tome, u potpunosti su sekvencirana i dostupna 4 fitoplazmatska genoma uz nekolicinu nepotpunih. Iako reducirani, genomi fitoplazmi bogati su ponavljajućim sljedovima. Ponavljajući sljedovi nazvani „potencijalne pokretne jedinice“ (potential mobile units ; PMUs) nalik su replikativnim transpozonima i mogu postojati kao kružni ekstrakromosomski elementi s povećanom ekspresijom u kukcima u odnosu na biljke. PMUs doprinose varijacijama u veličini te visokoj plastičnosti genoma i prilagodbi na različite domaćine. Jedan od ponavljajućih gena jest i gen ssb, Samo jedna kopija gena ssb u genomu ima drugačije evolucijsko porijeklo, nalazi se u specifičnom genomskom okruženju te se smatra izvornom kopijom. Izvorna kopija gena ssb izolata vrsta 'Ca. P. asteris' i 'Ca. P. solani' umnožena je i sekvencirana. Filogenetskom analizom pokazana je očuvanost izvorne kopije gena ssb, uz izuzetak vrste 'Ca. P. mali' što je u skladu s posebnom organizacijom i stabilnošću genoma ove fitoplazme. Metodom Southern blot, u genomu 'Ca. P. solani' dokazana je prisutnost još jedne kopije tog gena, što ukazuje na mogućnost postojanja ekstrakromosomskog elementa karakterističnog za ovu vrstu čiji je genom najveći i najnestabilniji među fitoplazmama.

adaptability; genome plasticity; genomics; effectors; evolution; phytoplasmas

nije evidentirano