Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 781470

Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III


Tomić, Antonija
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III 2015., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


Naslov
Primjena računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti u svrhu razumijevanja strukture, dinamike i aktivnosti ljudske dipeptidil-peptidaze III
(Multi scale computational approaches to understand a structure, dynamics and activity of the human dipeptidyl-peptidase III)

Autori
Tomić, Antonija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
24.04

Godina
2015

Stranica
224

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
Kvantna mehanika ; ljudska dipeptidil-peptidaza III ; metalopeptidaze ; molekulska dinamika ; molekulska mehanika ; račun slobodne energije ; supstratna specifičnost
(Free energy calculations ; human dipeptidyle peptidase III ; metaloenzymes ; molecular dynamics ; molecular mechanics ; quantum mechanics ; substrate specificity)

Sažetak
Dipeptidil-peptidaza III (DPP III) je o cinku ovisna egzopeptidaza koja katalizira reakciju hidrolize peptidne veze odcjepljujući dipeptid s N-kraja svojih supstrata. U okviru ove doktorske disertacije detaljno je istražena struktura i dinamika ljudske DPP III i njenih kompleksa primjenom računalnih pristupa različitih stupnjeva složenosti. Modeliranje je bilo temeljeno na trodimenzionalnim strukturama enzima određenim rentgenskom strukturnom analizom. Molekulsko-dinamičke (MD) simulacije slobodnog (bez vezanog liganda) enzima otkrile su veliku fleksibilnost proteina, a simulacije kompleksa DPP III sa sintetskim i peptidnim supstratima pridonijele su razumijevanju široke supstratne specifičnosti ovoga enzima, te u kombinaciji s računom slobodne energije omogućile određivanje najvjerojatnijeg i kemijski aktivnog načina vezanja supstrata. Aktivna konformacija enzima dodatno je potvrđena primjenom različitih MD metoda i hibridnim kvantno-mehaničkim – molekulskomehaničkim (QM/MM) računima različitih načina koordinacije cinka. Mehanizam reakcije hidrolize određen je na modelnom sustavu sastavljenom od supstrata, aminokiselinskih ostataka koji neposredno sudjeluju u procesu katalize i ostataka koji koordiniraju ion cinka.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
HRZZ-IP-2014-09-7235 - Gradovi hrvatskog srednjovjekovlja: urbane elite i urbani prostor (Irena Benyovsky Latin, )

Ustanove
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Autor s matičnim brojem:
Antonija Tomić, (326513)