hrvatski

Nutrigenomička analiza metaboličkih putova u kvascu Saccharomyces cerevisiae iščitavanjem reverzne translacije uz pomoć de novo sekvenciranja peptida

U ovome radu je razvijen novi ekspertni računalni sustav za analizu spektara masa putem kojeg je moguće tehnikom reverznog iščitavanja translacije, odnosno identifikacije proteina u uvjetima de novo, utvrditi promjene na razini proteoma i posredno metaboloma u modelnom organizmu kvascu S. cerevisiae, čiji je genom u potpunosti sekvenciran. Ekspertni sustav razvijen je u Java programskom jeziku te se sastoji od dva djela, jedan koji izvršava analize na strani poslužitelja i drugi koji ima upravljačku funkciju, a nalazi se na strani korisnika. De novo sekvenciranjem peptida možemo identificirati nadeksprimirane peptide (putem spektrometra masa MALDI-TOF/TOF), odnosno proteine. Na temelju identificiranih proteina napravljena je nutrigenomička analiza iščitavanjem reverzne translacije, odnosno određeno je uključivanje i isključivanje pojedinih metaboličkih putova s poveznicom na promjene nastale u proteomu, kod uzgoja kvasca u aerobnim i anaerobnim uvjetima te pri uskraćivanju i obogaćivanju prihrane kvasca. Utvrđeno je da se nadeksprimirani proteini stanice kvasca razlikuju ovisno o načinu uzgoja, čime se može zaključiti da se ekspresija gena te sinteza proteina, a time i aktivnost metaboličkih putova znatno mijenja pod stresnim promjenama prihrane stanica kvasca.

bioinformatika ; kvasac ; java ; programiranje ; masena spektrometrija ; nutrigenomika ; proteomika

nije evidentirano