engleski

Analysis of mtDNA sequence polimorphism in cattle

Mitohondrijska DNA (mtDNA) često se koristi kod proučavanja filogenetske povijesti. U tu svrhu istraživači najčešće koriste fragment ne- kodirajuće kontrolne regije (D-loop), čija analizirana dužina ovisno o autoru varira između 160 do 540 bp. Takav pristup je neadekvatan jer se gubi dio informacije o varijabilnosti cijele mtDNA. Polimorfizmi se mogu naći i u kodirajućim regijama mtDNA, a njihov utjecaj na kvantitativna i fitness svojstva kod goveda tek treba biti istražen. Cilj ovog rada bio je utvrditi koje su regije mtDNA goveda najčešće analizirane te dati kratki presjek postojećih polimorfizama raspoloživih sekvenci i dijelova sekvenci mtDNA što predstavljala prvi korak u mnogo složenijem procesu otkrivanja utjecaja polimorfizama mtDNA na proizvodna i fitness svojstva kod goveda. Iz ukupno 968 analiziranih sekvenci i dijelova sekvenci mtDNA preuzetih iz The National Center for Biotechnology Information baze podataka zaključuje se da je najčešće analizirana regija mtDNA goveda D-loop regija. Njezina visoka varijabilnost od 21.3% daleko premašuje varijabilnost cijele mtDNA sekvence koja iznosi 5.6%, no ipak se analizom cijele mtDNA detektira najveći broj haplotipova goveda (228 haplotiva detektiranih putem cijele mtDNA sekvence, naspram 184 haplotipa dobivena analizom samo D-loop regije). Osim toga, analiza cijele sekvence mtDNA potvrđuje polimorfizme kodirajućih regija mtDNA što omogućava analizu utjecaja polimorfizama na kvantitativna i fitness svojstva.

mitochondrial DNA; whole sequence; cattle; polymorphism; haplotypes

nije evidentirano