hrvatski

Konformacijska dinamika adenilacijske domene tirocidin-sintetaze 1 praćena metodom fluorescencijske spektroskopije

Neribosomske peptid-sintetaze (NRPS) su veliki multienzimski kompleksi koji nizom transpeptidacijskih reakcija kataliziraju sintezu biološki aktivnih peptidnih produkata.Proces biosinteze započinje na adenilacijskoj (A) domeni koja u prvom koraku katalizira nastanak aminoacil- adenilata, a u drugom prijenos aminokiseline na susjednu tiolacijsku (T) domenu. Kristalne strukture A-domena ukazuju na velike strukturne preinake tijekom katalitičkog ciklusa, a dovode se u vezu s usklađivanjem katalitičkih koraka i interakcijom sa susjednom T-domenom. U ovom radu, konformacijske promijene A-domene tirocidin- sintetaze 1 (TycA-A) ispitane su u otopini metodom fluorescencijske spektroskopije. TycA-A sadrži pet triptofana u primarnoj sekvenci: W227, W301, W323, W376 i W406. Procjena dostupnosti njihovih bočnih ogranaka izrađena je na temelju homolognih modela TycA-A u dvije konformacije. Gašenje fluorescencije akrilamidom provedeno na divljem tipu i mutantama TycA-A s pojedinačno zamjenjenim triptofanima, ukazuje na dvije skupine fluorofora različite dostupnosti okolnom otapalu. Prisustvo supstrata ima utjecaja jedino na W227 koji može poslužiti kao intrinzična fluorescencijska proba. Uloga nepripadajućih aminokiselina na konformaciju TycA-A, ispitana je na mutanti sa samo jednim fluorescirajućim triptofanom te ukazuje na suboptimalnu konformaciju i slabiju zaštitu reaktivnog međuprodukta od hidrolize. Promjena konformacije kao odraz vezanja supstrata također je ispitana pokusima ograničene triptičke digestije i diferencijalne fluorimetrije.

adenilacijska domena/ neribosomske peptid-sintetaze/ konformacijska dinamika/ tirocidin-sintetaza 1

nije evidentirano