Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 727369

Eksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula


Grabar Branilović, Marina
Eksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula, 2014., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


CROSBI ID: 727369 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Eksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula
(Nucleic acid - small molecule interactions, experimentally based molecular modeling approach)

Autori
Grabar Branilović, Marina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
17.06

Godina
2014

Stranica
108

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
nukleinske kiseline; polje sila; molekulska mehanika; molekulska dinamika; kvantno mehanički računi; interkalatori; mali utor – vežući spojevi; inhibitori HCV-a
(nucleic acids; force field; molecular mechanics; molecular dynamics quantum mechanical calculations; intercalators; minor groove binders; HCV inhibitors)

Sažetak
U okviru ove doktorske disertacije metodama molekulskog modeliranja proučavane su interakcije nukleinskih kiselina s nekoliko skupina organskih spojeva: derivatima bisfenantridina, guanidiniokarbonil-pirol- arilnim konjugatima, cijaninskim spojevima, te translacijskim (benzimidazolnim i diaminopiperidinskim) inhibitorima hepatitis C virusa. Istraženi su procesi njihovog kompleksiranja, interkaliranja, vezanja u utor te elektrostatskog međudjelovanja s polinukleotidima. Prve tri skupine spojeva imaju svojstvo molekulskog prepoznavanja nukleobaza, pa mogu poslužiti za razvoj novih specifičnih obilježivača pri istraživanju nukleinskih kiselina, te kao predložak za razvoj antitumorskih i antivirusnih lijekova sa svojstvom selektivnog blokiranja određenih sljedova DNA ili RNA. Kao polazišne točke za modeliranje korišteni su rezultati spektroskopskih mjerenja (UV-Vis i CD spektri, fluorimetrijske titracije) te difrakcijske i NMR analize. Istraživanja su provedena metodama molekulskog modeliranja različitih stupnjeva složenosti. U svrhu određivanja novih parametara korišteni su kvantno mehanički računi. Proučavanje strukture i fleksibilnosti nukleinskih kiselina i njihovih kompleksa s organskim molekulama provedeno je metodama polja sila (molekulska mehanika i molekulska dinamika). Kombinirane kvantno mehaničke – molekulsko mehaničke metode primijenjene su u svrhu ispitivanja utjecaja okoline, preciznije polinukleotidnog lanca i metalnih iona, na raspodjelu naboja na ligandima. Dobiveni rezultati u skladu su s eksperimentalnim saznanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Sanja Tomić, )

Ustanove
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Profili:

Avatar Url Sanja Tomić (mentor)

Avatar Url Marina Grabar Branilović (autor)

Citiraj ovu publikaciju

Grabar Branilović, Marina
Eksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula, 2014., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Grabar Branilović, M. (2014) 'Eksperimentalno utemeljeno modeliranje interakcija nukleinskih kiselina i malih molekula', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Grabar Branilovi\'{c}, M.}, year = {2014}, pages = {108}, keywords = {nucleic acids, force field, molecular mechanics, molecular dynamics quantum mechanical calculations, intercalators, minor groove binders, HCV inhibitors}, title = {Nucleic acid - small molecule interactions, experimentally based molecular modeling approach}, keyword = {nucleic acids, force field, molecular mechanics, molecular dynamics quantum mechanical calculations, intercalators, minor groove binders, HCV inhibitors}, publisherplace = {Zagreb} }