Sklopovska implementacija postupaka za poravnanje genoma (CROSBI ID 386595)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Polović, Marko
Vučić, Mladen
hrvatski
Sklopovska implementacija postupaka za poravnanje genoma
Količine podataka koje se dobiju sekvenciranjem genoma prevelike su da bi njihovo poravnanje na današnjim računalima trajalo dovoljno kratko. Srećom, mnogi algoritmi za poravnanje se mogu paralelizirati te na taj način ubrzati. U ovom radu razvijen je sustav za poravnavanje koji se temelji na sklopovskoj realizaciji Needleman-Wunschevog algoritma. Sustav je implementiran na programabilnim logičkim poljima familije Virtex-6. Implementirano je 511 paralelnih procesnih elemenata koji povezani u linearno sistoličko polje računaju vrijednost poravnanja. Sustav za poravnanje se s računalom domaćinom povezuje pomoću PCI Express sučelja. Razvijeni sustav pokazuje da sklopovski pristup ima velik potencijal za ubrzavanje postupaka za poravnanje.
poravnavanje genoma; programabilna logička polja; FPGA; sustav na čipu; SoC
nije evidentirano
engleski
Hardware implementation of methods for genome alignment
nije evidentirano
genome alignment; field programmable gate arrays; FPGA; system on chip; SoC
nije evidentirano
Podaci o izdanju
47
17.07.2014.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb