hrvatski

Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena

Pri anotaciji genoma uobičajena je praksa koristiti heurističke algoritme poravnanja za pronalazak i obilježavanje intron – ekson regija gena pri anotaciji genoma. Zbog prirode heurističkog poravnanja, određen broj eksona nije uspješno identificiran, posebice u vrstama čiji je genom lošije kvalitete. Aplikacija SuperExonRetriever2000 razvijena je s ciljem uporabe optimalnog poravnanja sljedova za pronalak protein kodirajućh regija u genu. Aplikacija nudi mogućnost pronalaska ortolognih proteina u srodnim vrstama, dohvata i pohrane bioloških podataka (protein, gen, eksoni) te generiranja 4 vrste poravnanja eksona. Za svaki se protein može generirati statistika s postocima pokrivenosti pojedinog eksona za svako od četiri vrste poravnanja. Ovo omogućava detaljan pregled slučajeva u kojima se uporabom heurističkih metoda ne može pronaći ekson. Nadalje, iz svakog se poravnanja može rekonstruirati proteinski proizvod. Aplikacija nudi dohvat svih informacija o biološkim sljedovima i poravnanjima na jednostavan i sistematičan način. Za svaki ekson proteina određen je najbolji ponuđeni slijed (Ensembl ili poravnanje). Sve informacije dobivene učitavanjem i obradom poravnanja preslikane su u bazu podataka. Ova baza podataka iskorištena je za generiranje najboljeg proteinskog proizvoda i pregled dobivenih rješenja je uobličen na mrežnim stranicama s nadom da će ona biti korisna pri komparativnoj analizi proteina.

paralozi; eksoni; poravnanje; Smith-Waterman algoritam

nije evidentirano