Nalazite se na CroRIS probnoj okolini. Ovdje evidentirani podaci neće biti pohranjeni u Informacijskom sustavu znanosti RH. Ako je ovo greška, CroRIS produkcijskoj okolini moguće je pristupi putem poveznice www.croris.hr
izvor podataka: crosbi !

Procjena funkcionalnog značaja varijanti gena BRCA2 u 5' netranslatirajućoj regiji upotrebom in silico metoda (CROSBI ID 606778)

Neobjavljeno sudjelovanje sa skupa | neobjavljeni prilog sa skupa

Ozretić, Petar Procjena funkcionalnog značaja varijanti gena BRCA2 u 5' netranslatirajućoj regiji upotrebom in silico metoda // Godišnja skupština Hrvatskog društva za istraživanje raka Zagreb, Hrvatska, 20.10.2011-20.10.2011

Podaci o odgovornosti

Ozretić, Petar

hrvatski

Procjena funkcionalnog značaja varijanti gena BRCA2 u 5' netranslatirajućoj regiji upotrebom in silico metoda

BRCA1 i BRCA2 su glavni geni odgovorni za nasljedni karcinom dojke i jajnika i njihove mutacije povećavaju rizik pojave raka. Genetičko testiranje se učestalo provodi ali je približno polovica pronađenih promjena označeno kao varijante nepoznatog kliničkog značaja. Tumačenje neklasificiranih varijanata je glavni problem kod procjene rizika prilikom genetičkog savjetovanja, te se zato koristite različite računalne metode za brzu procjenu njihovog kliničkog značaja. Većina alata predviđa učinak varijanata u kodirajućim regijama ili na granicama eksona-introna. Cilj nam je pronaći prikladnu računalnu metodu procjene štetnosti varijanata u 5' netranslatirajućoj regiji (5' NTR). Kako funkcioniranje NTR-ova osim o nukleotidnom slijedu ovisi i o sekundarnoj strukturi, naša pretpostavka je da štetne NTR varijante remete podstrukture potrebne za regulaciju sinteze proteina. Konsenzus struktura 5' NTR regije gena BRCA2 izgrađena je korištenjem algoritama za predviđanje sekundarne strukture na temelju sekvenci četiri različite vrste organizama. Konsenzus struktura je korištena jer je vjerojatnije da su evolucijski sačuvane strukture funkcionalne. Učinak varijanata je istražen tako da se u ljudsku sekvencu 5' NTR regije gena BRCA2 uključi po jedna varijanta, te se zatim njena sekundarna struktura predviđa korištenjem konsenzus strukture kao kalup. Ako je tako predviđena struktura znatno različita od konsenzusne, ta varijanta može imati funkcionalni značaj. Od 13 pronađenih, varijante c.-26G>A, c.-26G>C, c-26G>T i c.-12T>C najviše remete konsenzus strukturu. Kao što su Gochhait i sur. (2007) pokazali za varijantu c.-26G>C, i ostale tri varijante bi mogle destabilizirati strukture ispred mjesta početka sinteze proteina BRCA2 i time povećati učinkovitost njegove ekspresije. Stoga smatramo da su te tri varijante potencijalno klinički značajne. Računalna metoda za procijenu štetnosti 5' NTR varijanata pokazala se korisnom, posebno u sužavanju izbora varijanata koje treba eksperimentalno finkcionalno karakterizirati.

nasljedni rak dojke; BRCA2; 5' UTR; sekundarna struktura; predikcija

nije evidentirano

engleski

In silico methods for assessing potential functional impact of human breast cancer gene BRCA2 sequence variants found in 5' untranslated region

nije evidentirano

hereditary breast cancer; BRCA2; 5' UTR; secondary structure; prediction

nije evidentirano

Podaci o prilogu

nije evidentirano

nije evidentirano

Podaci o skupu

Godišnja skupština Hrvatskog društva za istraživanje raka

pozvano predavanje

20.10.2011-20.10.2011

Zagreb, Hrvatska

Povezanost rada

Temeljne medicinske znanosti