Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 667178

Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju


Duvnjak, Marija
Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju 2012., diplomski rad, diplomski, Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb


Naslov
Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju
(Prediction of adenilation domains substrate specificity)

Autori
Duvnjak, Marija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
09.10

Godina
2012

Stranica
66

Mentor
Starčević, Antonio

Neposredni voditelj
Žučko, Jurica

Ključne riječi
A-domene; višestruka poravnanja; filogenetske analize; predviđanje specifičnosti
(A-domains; multiple alignments; phylogenetic analysis; specificity prediction)

Sažetak
U posljednje se vrijeme, u znanstvenoj javnosti, pojavilo veliko zanimanje za oblikovanje novih lijekova. Genske nakupine čiji proteinski produkti sudjeluju u sintezi biološki aktivnih supstancija za oblikovanje novih lijekova nalaze se u genomima sekvenciranih mikroorganizama. Razvijen je čitav niz javno dostupnih baza podataka i bioinformatičkih alata za njihovu analizu. To se posebno odnosi na bioinformatičke alate koji analiziraju genske nakupine, čiji produkti sudjeluju u sintezi sekundarnih metabolita u uvjetima in silico. Jedna od skupina zanimljivih prirodnih spojeva jesu neribosomalno sintetizirani peptidi. Adenilacijske domene (A-domene), obavezne podjedinice modula neribosomalno sintetiziranih peptid sintetaza (NRPS), prepoznaju i aktiviraju aminokiseline koje moraju biti ugrađene u konačni produkt, neribosomalno sintetizirani peptid. Poznavanje specifičnosti A-domena za supstrat omogućit će predviđanje konačne kemijske strukture produkata genskih nakupina NRPS i dizajn novih biološki aktivnih prirodnih spojeva. U ovom su radu predviđanja aminokiselinskih supstrata, koje aktiviraju A-domene, provedena pomoću višestrukih poravnanja upotrebom bioinformatičkog programa Clustal W i filogenetskih analiza upotrebom bioinformatičkog programa za molekularne evolucijske genetske analize, MEGA, te bioinformatičkog programa HMMER 3 za konstrukciju HMM profila za prepoznavanje supstrata.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
058-0000000-3475 - Generiranje potencijalnih lijekova u uvjetima in silico (Daslav Hranueli, )

Ustanove
Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb

Autor s matičnim brojem:
Marija Duvnjak, (324884)