hrvatski

Predviđanje specifičnosti izbora supstrata domena za adenilaciju

U posljednje se vrijeme, u znanstvenoj javnosti, pojavilo veliko zanimanje za oblikovanje novih lijekova. Genske nakupine čiji proteinski produkti sudjeluju u sintezi biološki aktivnih supstancija za oblikovanje novih lijekova nalaze se u genomima sekvenciranih mikroorganizama. Razvijen je čitav niz javno dostupnih baza podataka i bioinformatičkih alata za njihovu analizu. To se posebno odnosi na bioinformatičke alate koji analiziraju genske nakupine, čiji produkti sudjeluju u sintezi sekundarnih metabolita u uvjetima in silico. Jedna od skupina zanimljivih prirodnih spojeva jesu neribosomalno sintetizirani peptidi. Adenilacijske domene (A-domene), obavezne podjedinice modula neribosomalno sintetiziranih peptid sintetaza (NRPS), prepoznaju i aktiviraju aminokiseline koje moraju biti ugrađene u konačni produkt, neribosomalno sintetizirani peptid. Poznavanje specifičnosti A-domena za supstrat omogućit će predviđanje konačne kemijske strukture produkata genskih nakupina NRPS i dizajn novih biološki aktivnih prirodnih spojeva. U ovom su radu predviđanja aminokiselinskih supstrata, koje aktiviraju A-domene, provedena pomoću višestrukih poravnanja upotrebom bioinformatičkog programa Clustal W i filogenetskih analiza upotrebom bioinformatičkog programa za molekularne evolucijske genetske analize, MEGA, te bioinformatičkog programa HMMER 3 za konstrukciju HMM profila za prepoznavanje supstrata.

A-domene; višestruka poravnanja; filogenetske analize; predviđanje specifičnosti

nije evidentirano