Istraživanje supstratne specifičnosti Acil-CoA tioesteraze I iz bakterije Pseudomonas aeruginosa korištenjem molekularne dinamike (CROSBI ID 380391)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Petrović, Saša
Bertoša, Branimir
hrvatski
Istraživanje supstratne specifičnosti Acil-CoA tioesteraze I iz bakterije Pseudomonas aeruginosa korištenjem molekularne dinamike
Acil-CoA tioesteraza I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa lipolitički je enzim koji pripada obitelji GDSL hidrolaza. Obitelj GDSL hidrolaza relativno je nova i neistražena skupina enzima s velikim potencijalom za primjenu u farmaceutskoj i prehrambenoj industriji, kao i za daljnja biokemijska istraživanja. Posebnost ove enzimske obitelji su izuzetna supstratna nespecifičnost te tipični GDSL motiv oko serina iz katalitičke trijade, koji se razlikuje od GXSXG motiva iz većine dosad istraženih lipaza. TesA sudjeluje u putu sinteze masnih kiselina te katalizira hidrolizu čitavog niza supstrata različitih veličina (estera i tioestera različite duljine lanca masnih kiselina). U ovom radu pokušali smo razjasniti molekularnu osnovu supstratne specifičnosti i supstratnog promiskuiteta enzima TesA korištenjem računalnih metoda temeljenih na polju sila, prvenstveno molekularne dinamike (MD). Rezultate simulacija poduprti su eksperimentalnim mjerenjem sktivnosti enzima prema različitim supstratima. Simulacijama smo objasnili smještanje supstrata različitih veličina i oblika u aktivno mjesto TesA te promjene u strukturi i dinamici aktivnog mjesta izazvanih prisutnošću različitih supstrata te uvođenjem mutacija. Utjecaj izabranih mutacija istražen je in silico i eksperimentalnim metodama.
molekularna dinamika ; supstratna specifičnost ; in silico mutacije
nije evidentirano
engleski
Investigation of substrate specificity of Acyl-CoA Thioesterase I from the bacterium Pseudomonas aeruginosa using molecular dynamics
nije evidentirano
molecular dynamics ; substrate specificity ; in silico mutations
nije evidentirano
Podaci o izdanju
46
19.09.2013.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Zagreb