hrvatski

GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova

Poravnavanje slijedova proteina bitan je dio istraživanja moderne biologije. Kako se radi o velikoj količini podataka, njihova računalna obrada je ključna za učinkovitost istraživanja. Ovaj rad bavi se pronalaženjem optimalnog poravnanja jednog proteina i liste od N proteina. U informatici se proteini mogu prikazati kao nizovi znakova nad fiksnom abecedom te se njihovo poravnavanje svodi na poravnavanje tih nizova znakova. Obrada podataka i nalaženje optimalnog poravnanja izvodi se pomoću modificiranog Smith-Watermanovog algoritma s afinom funkcijom kazne i predmetačnim računom. Algoritam je implementiran u jeziku CUDA C za izvedbu na CUDA grafičkim procesnim jedinicama. Zbog nemogućnosti rješavanja problema implementacije predmetačnog računa na razini cijele grafičke procesne jedinice, algoritam je implementiran na razini jednog bloka dretvi te su tako analizirane njegove performanse.

Smith-Waterman; CUDA; paralelizacija; poravnanje; protein; predmetačni račun

nije evidentirano