hrvatski

Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja

Sastavljanje genoma jedan je od temeljnih problema bioinformatike. Njegova važnost za razumijevanje brojnih pojava u živom svijetu je neporeciva. Proces sastavljanja genoma je vrlo težak i računalno zahtjevan proces koji uključuje više koraka. Postoji nekoliko metoda izvođenja rekonstrukcije genoma od kojih svaka nudi neke prednosti, ali i nailazi na probleme i izazove. De novo pristup izvodi se na više načina od kojih je najznačajni Preklapanje-Izravnavanje-Konsenzus. Prva faza ili preklapanje za cilj ima pronaći najbolja preklapanja između očitanja genoma i izgraditi graf povezanosti tih očitanja. U grafu, čvorovi predstavljaju očitanja, a bridovi preklapanja. Na taj način gradi se usmjeren netežinski graf. Faza preklapanja osjetljiva je na pogreške u očitanjima, a cilj je ovoga rada ispitati kako različiti postotci pogrešaka utječu na sposobnost detekcije točnih preklapanja.

De novo; sastavljanje genoma; preklapanje; sw#

nije evidentirano