Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 636845

SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora


Korpar, Matija
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


Naslov
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora
(SW# - Sequence alignment library utilizing graphics processing units)

Autori
Korpar, Matija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
09.07.

Godina
2013

Stranica
85

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
SW#; Smith-Waterman; CUDA; paralelizacija; bioinformatika; poravnanje sljedova
(SW#; Smith-Waterman; CUDA; parallelization; bioinformatics; sequence alignment)

Sažetak
Problem poravnanja sljedova jedan je od najstarijih problema u bionformatici. Iako je prošlo nekoliko desetljeća, problem poravnanja je još uvijek aktualan. Trenutna rješenja su kompromisi između potrošnje vremena, memorije i točnosti. Smith-Watermanov i Needleman-Wunschov algoritam najpoznatiji su deterministički algoritmi poravnanja sljedova. Unatoč svojoj točnosti, rijetko se koriste samostalno zbog svoje velike memorijske i vremenske potrošnje. Ipak, često se koriste kao komponente različitih heurističkih alata. U radu je predstavljena biblioteka SW#. Biblioteka nudi CUDA implentacije memorijski učinkovitih inačica determinističkih algoritama poravnanja, čija ubrzanja sežu i do nekoliko stotina puta u odnosu na CPU inačice, kao i sučelje za korištenje s drugim aplikacijama.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Branko Jeren, )

Ustanove
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb