Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 636845

SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora


Korpar, Matija
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 636845 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora
(SW# - Sequence alignment library utilizing graphics processing units)

Autori
Korpar, Matija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
09.07

Godina
2013

Stranica
85

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
SW#; Smith-Waterman; CUDA; paralelizacija; bioinformatika; poravnanje sljedova
(SW#; Smith-Waterman; CUDA; parallelization; bioinformatics; sequence alignment)

Sažetak
Problem poravnanja sljedova jedan je od najstarijih problema u bionformatici. Iako je prošlo nekoliko desetljeća, problem poravnanja je još uvijek aktualan. Trenutna rješenja su kompromisi između potrošnje vremena, memorije i točnosti. Smith-Watermanov i Needleman-Wunschov algoritam najpoznatiji su deterministički algoritmi poravnanja sljedova. Unatoč svojoj točnosti, rijetko se koriste samostalno zbog svoje velike memorijske i vremenske potrošnje. Ipak, često se koriste kao komponente različitih heurističkih alata. U radu je predstavljena biblioteka SW#. Biblioteka nudi CUDA implentacije memorijski učinkovitih inačica determinističkih algoritama poravnanja, čija ubrzanja sežu i do nekoliko stotina puta u odnosu na CPU inačice, kao i sučelje za korištenje s drugim aplikacijama.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekti:
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Jeren, Branko, MZOS ) ( POIROT)

Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)


Citiraj ovu publikaciju

Korpar, Matija
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Korpar, M. (2013) 'SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora', diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Korpar, M.}, year = {2013}, pages = {85}, keywords = {SW\#, Smith-Waterman, CUDA, paralelizacija, bioinformatika, poravnanje sljedova}, title = {SW\# - Biblioteka za poravnanje sljedova kori\v{s}tenjem grafi\v{c}kih procesora}, keyword = {SW\#, Smith-Waterman, CUDA, paralelizacija, bioinformatika, poravnanje sljedova}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Korpar, M.}, year = {2013}, pages = {85}, keywords = {SW\#, Smith-Waterman, CUDA, parallelization, bioinformatics, sequence alignment}, title = {SW\# - Sequence alignment library utilizing graphics processing units}, keyword = {SW\#, Smith-Waterman, CUDA, parallelization, bioinformatics, sequence alignment}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font