SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora (CROSBI ID 378712)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Korpar, Matija
Šikić, Mile
hrvatski
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora
Problem poravnanja sljedova jedan je od najstarijih problema u bionformatici. Iako je prošlo nekoliko desetljeća, problem poravnanja je još uvijek aktualan. Trenutna rješenja su kompromisi između potrošnje vremena, memorije i točnosti. Smith-Watermanov i Needleman-Wunschov algoritam najpoznatiji su deterministički algoritmi poravnanja sljedova. Unatoč svojoj točnosti, rijetko se koriste samostalno zbog svoje velike memorijske i vremenske potrošnje. Ipak, često se koriste kao komponente različitih heurističkih alata. U radu je predstavljena biblioteka SW#. Biblioteka nudi CUDA implentacije memorijski učinkovitih inačica determinističkih algoritama poravnanja, čija ubrzanja sežu i do nekoliko stotina puta u odnosu na CPU inačice, kao i sučelje za korištenje s drugim aplikacijama.
SW#; Smith-Waterman; CUDA; paralelizacija; bioinformatika; poravnanje sljedova
nije evidentirano
engleski
SW# - Sequence alignment library utilizing graphics processing units
nije evidentirano
SW#; Smith-Waterman; CUDA; parallelization; bioinformatics; sequence alignment
nije evidentirano
Podaci o izdanju
85
09.07.2013.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb