Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 636714

Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija


Kušević, Katarina
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


Naslov
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija
(Computing method for determing protein interactions)

Autori
Kušević, Katarina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
09.07

Godina
2013

Stranica
53

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Proteini; Elektrostatska sila; Energija solvatacije; Koeficijent privlačnosti; ASA; Aminokiseline; JAVA; Korelacija
(Proteins; Electrostatic energy; Solvation energy; Affinity data; ASA; Amino acids; JAVA; Corelation)

Sažetak
Algoritam implementiran ovim radom računa elektrostatsku silu i energiju solvatacije proteina. Elektrostatska sila računa se kao zbroj elektrostatskih sila pri međusobnim interakcijama svih atoma u svim aminokiselinama. Podaci potrebni za računanje dobivaju se učitavanjem PDB datoteka i učitavanjem naboja svakog atoma u određenoj aminokiselini. Energija solvatacije računa se kao zbroj energija solvatacije svih aminokiselina u proteinu.Za izračun energije solvatacije potrebni podaci učitavaju se iz datoteke s vrijednostima površina dostupnih otapalu i potencijalom otapala te iz datoteke s radijusom atoma svake aminokiseline. Dobivene vrijednosti se koreliraju s koeficijentom privlačnosti proteina.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Branko Jeren, )
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Sanja Tomić, )

Ustanove
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb