Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 587416

GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti


Hucaljuk, Josip
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


Naslov
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti
(GPU implementation of time efficient linear space local alignment algorithm)

Autori
Hucaljuk, Josip

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.6

Godina
2012

Stranica
43

Mentor
Šikić, MIle

Ključne riječi
Bioinformatika; Smith-Waterman; Needleman-Wunsch; CUDA; poravnavanje sekvenci
(Bioinformatics; Smith-Waterman; Needleman-Wunsch; CUDA; sequence alignment)

Sažetak
U ovome radu ukratko je opisano područje bioinformatike te algoritmi za poravnavanje sekvenci koji imaju vrlo bitnu ulogu u bioinformatici. Kako su pri implementaciji paralelizirane verzije programskog rješenja korišteni grafički procesori, također je opisana arhitektura modernih grafičkih procesora. Sama implementacija je detaljnije opisana, kao i provedene optimizacije. Ostvareni rezultati pokazuju ubrzanje od 20 puta u odnosu na sekvencijalnu verziju, što je u skladu s očekivanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Branko Jeren, )

Ustanove
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Citiraj ovu publikaciju

Hucaljuk, Josip
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Hucaljuk, J. (2012) 'GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti', diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Hucaljuk, J.}, year = {2012}, pages = {43}, keywords = {bioinformatics, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, CUDA, sequence alignment}, title = {GPU implementation of time efficient linear space local alignment algorithm}, keyword = {bioinformatics, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, CUDA, sequence alignment}, publisherplace = {Zagreb} }