GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti (CROSBI ID 372968)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Hucaljuk, Josip
Šikić, MIle
hrvatski
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti
U ovome radu ukratko je opisano područje bioinformatike te algoritmi za poravnavanje sekvenci koji imaju vrlo bitnu ulogu u bioinformatici. Kako su pri implementaciji paralelizirane verzije programskog rješenja korišteni grafički procesori, također je opisana arhitektura modernih grafičkih procesora. Sama implementacija je detaljnije opisana, kao i provedene optimizacije. Ostvareni rezultati pokazuju ubrzanje od 20 puta u odnosu na sekvencijalnu verziju, što je u skladu s očekivanjima.
bioinformatika; Smith-Waterman; Needleman-Wunsch; CUDA; poravnavanje sekvenci
nije evidentirano
engleski
GPU implementation of time efficient linear space local alignment algorithm
nije evidentirano
bioinformatics; Smith-Waterman; Needleman-Wunsch; CUDA; sequence alignment
nije evidentirano
Podaci o izdanju
43
29.06.2012.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
