Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 585440

BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala


Rakipović, Alen
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 585440 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala
(BioMe - statistical analyzer for biologically relevant metals)

Autori
Rakipović, Alen

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2012

Stranica
34

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
PDB; proteini; nukeinske kiseline; biometali; statistička analiza
(PDB; proteins; nucleic acids; biometals; statistical analysis)

Sažetak
U ovom radu je opisano web sučelje za statističku analizu metala u biomolekulama. Web sučelje je dio sustava za statističku analizu izrađenog na Fakultetu elektrotehnike i računarstva na Sveučilištu u Zagrebu. Sustav se sastoji od tri dijela: baze podataka, parsera i web sučelja za statističku analizu. MySQL baza podataka u konačnici sadrži podatke o svim strukturama, lancima, metalnim ligandima i atomima te odgovarajućim udaljenostima, kutovima i geometrijskim strukturama. Tako stvorena baza podataka, veličine oko 150 MB, služi za statističku analizu i javno je dostupna za preuzimanje. Prvenstveno su dostupni podaci za proteinske, RNK i DNK lance, ali i za sve ostale komponente biomolekula. Statističku analizu moguće je obaviti kroz web sučelje implementirano pomoću GWT-a. Korisnik može saznati razne statističke podatke kao što su prisustvo odabranog liganda u koordinaciji s metalom, raspodjelu koordinacijski brojeva, postotak metalnih iona koordiniran s kombinacijama odabranih ligada, raspodjelu monodentatnih i bidentatnih metalnih karboksila, raspodjelu po koordinatnim geometrijama te druge. Rezultati su dostupni u brojevnom i grafičkom formatu. Baza podataka i sučelje za statističku analizu služe kao bogat izvor informacija za istraživačku zajednicu. Uloga metala u proteinima je još uvijek slabo istraženo područje, stoga vjerujemo da će ovaj alat poslužiti znanstvenicima u budućim istraživanjima. U usporedbi s postojećim alatima, ovaj alat je nadmoćniji zato što uvijek nudi najsvježiju informaciju, objedinjuje sve ponuđene podatke na jednom mjestu i nudi mnoštvo novih podataka. Osim navedenoga, sustav je brži i stabilniji. Dostupan je na http://metals.zesoi.fer.hr.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika, Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Branko Jeren, )
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Sanja Tomić, )

Ustanove
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb,
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)

Citiraj ovu publikaciju

Rakipović, Alen
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala, 2012., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Rakipović, A. (2012) 'BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala', diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Rakipovi\'{c}, A.}, year = {2012}, pages = {34}, keywords = {PDB, proteins, nucleic acids, biometals, statistical analysis}, title = {BioMe - statistical analyzer for biologically relevant metals}, keyword = {PDB, proteins, nucleic acids, biometals, statistical analysis}, publisherplace = {Zagreb} }