hrvatski

Određivanje skupova gena crvene djeteline (Trifolium pratense L.) AFLP molekularnim markerima

Crvena djetelina (Trifolium pratense L.) je rasprostranjena u različitim klimatskim i reljefnim uvjetima diljem Hrvatske. Biljni materijal samoniklih populacija crvene djeteline prikupljen (in situ) je sa područja sjeverozapadne, zapadne i sjeveroistočne Hrvatske sa svrhom određivanja skupova gena. Proučavanje je provedeno pomoću AFLP molekularnih markera za čiju provedbu je korišteno 10 polimorfnih početnica. Svaka populacija je zastupljena sa 20 biljaka. Po populaciji su napravljene 4 smjese od kojih je svaka sadržavala pojedinačno izoliranu DNA 5 biljaka. Umnoženi AFLP produkti su vizualizirani i analizirani GeneMapper-om ver. 4.0. Na bazi binarne matrice izvedena je matrica različitosti (modificirana Rogersova distanca). Izračun matrice različitosti, UPGMA analiza i bootstrap-testiranje pouzdanosti povezivanja smjesa individua u klastere provedena je pomoću NTSYSpc 2.21L statističkog programa. Deset AFLP početnica je na bazi 47 smjesa individua kroz 12 populacija crvene djeteline generiralo ukupno 2184 markera od kojih je 1990 bilo polimorfno. Prosječan broj polimorfnih markera po kombinaciji početnice kreće se od 43 (E42/M59) do 78 (E39/M59). Najinformativnijima (PIC) su se pokazale tri kombinacije početnica E39/M59, E35/M48 i E39/M50. Prosječna MRD-vrijednost između svih 12 populacija bila je 0, 49. AMOVA-om većina fenotipske varijance utvrđena je između smjesa unutar populacija (67, 72%), dok je između populacija utvrđeno 32, 28%. Između populacija utvrđena je značajna udaljenost (p<0, 001). UPGMA klaster analiza je grupirala populacije u tri grupe (A, B i C). AMOVA-om je utvrđena značajna razlika između grupa A i B (p=0, 006) te između grupa A i C (p=0, 004). Između grupa B i C nije utvrđena značajna razlika (p=0, 099). Analizom osnovnih koordinata (PCoA) utvrđena je jasna vertikalna odvojenost populacija u dvije genske skupine (PCoA1 55, 09%). Dobiveni podatci pružaju određene smjernice o tome kako upravljati, sačuvati i iskoristiti bogatstvo ove germplazme u oplemenjivačkim programima.

crvena djetelina (Trifolium pratense L.) ; smjesa individua-bulk ; AFLP ; AMOVA ; genski skup

nije evidentirano