Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 549394

Baza podataka metala u proteinima


Tus, Alan
Baza podataka metala u proteinima 2010., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


Naslov
Baza podataka metala u proteinima
(Database of metals in proteins)

Autori
Tus, Alan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
07.07

Godina
2010

Stranica
33

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Metal; protein; lanac; koordinacijski broj; aminokiselina; nukleinska kiselina; ligand; donor; kut; udaljenost
(Metal; protein; chain; coordination number; aminoacid; nucleic acid; ligand; donor; angle; distance)

Sažetak
U ovom radu je pružen kratak uvod u ulogu metala u proteinima i nekim dosadašnjim upotrebama njihovih svojstava. Ostvarena je implementacija sustava i baze podataka koji iz centralne baze proteina preuzima sve strukture u mmCIF obliku, obrađuje ih te u bazu podataka pohranjuje strukturu proteina, udaljenosti između donora i metala te vrijednosti kutova između dva donora i metala. Podatci se obrađuju tako da se odabiru oni proteini koji sadrže barem jedan metal i jedan proteinski lanac s dva donora. Ukoliko protein zadovoljava navedene uvjete izdvajaju se svi metali i donori, računaju se njihove međusobne udaljenosti i sve moguće vrijednosti kutova dvaju donora i metala tako da je metal u vrhu kuta i donori u krakovima. Baza podataka dobivena ovim radom služi kao bogat izvor informacija o odnosima pojedinih metala s ostatkom proteinske strukture te je primjenjiva u biološkim i kemijskim istraživanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija, Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Branko Jeren, )
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Sanja Tomić, )

Ustanove
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb,
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb