hrvatski

Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma

Predviñanje proteinskih interakcija aktualna je tema iz područja bioinformatike čiji je cilj predvidjeti potencijalne interakcije proteinskih lanaca te ih primijeniti u kreiranju lijekova, tumačenju složenih metaboličkih reakcija ili nekom drugom području. Zadatak ovog diplomskog rada bio je odrediti mjesta interakcija za postojeće neredundantne skupove proteina i pokušati ih predvidjeti klasifikatorom. Mjesta proteinskih interakcija odreñena su na temelju dvije definicije: PIADA algoritmom i preko maksimalne dozvoljene udaljenost od 6 Å izmeñu teških atoma s lanaca proteina u interakciji. Na temelju odreñenih mjesta interakcija provedena je detaljan statistička analiza i kreiran je binarni klasifikator za predviñanje interakcija. Klasifikacija je provoñena temeljem slijeda aminokiselinskih ostataka koji tvore lanac proteina i odgovarajućih profila slijeda. Rezultati ostvareni u radu sugeriraju da iako i sekvenca u većoj i profili u manjoj mjeri sadrže informaciju koja je korisna za klasifikaciju, oni sami nisu dovoljni za visoke rezultate klasifikacije mjerljive preko preciznosti i odziva. Rezultati statističke analize ukazuju na to da su korišteni skupovi po sastavu i svojstvima vrlo slični, iako bi bilo pogrešno tvrditi da si potpuno odgovaraju po svojstvima.

Predviñanje proteinskih interakcija; Neredundantni skup; Algoritam slučajnih šuma; Sekvenca; Evolucijski profili; Redundancija; Matrica pogreške

nije evidentirano