Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 547843

Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma


Petrović, Juraj
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 547843 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma
(Prediction of protein-protein interactions using Random Forests)

Autori
Petrović, Juraj

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2010

Stranica
49

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Predviñanje proteinskih interakcija; Neredundantni skup; Algoritam slučajnih šuma; Sekvenca; Evolucijski profili; Redundancija; Matrica pogreške
(Prediction of proteinHprotein interactions; NonHredundant dana set; Random Forests algorithm; Sequence; Evolution profiles; Redundancy; Error matrix)

Sažetak
Predviñanje proteinskih interakcija aktualna je tema iz područja bioinformatike čiji je cilj predvidjeti potencijalne interakcije proteinskih lanaca te ih primijeniti u kreiranju lijekova, tumačenju složenih metaboličkih reakcija ili nekom drugom području. Zadatak ovog diplomskog rada bio je odrediti mjesta interakcija za postojeće neredundantne skupove proteina i pokušati ih predvidjeti klasifikatorom. Mjesta proteinskih interakcija odreñena su na temelju dvije definicije: PIADA algoritmom i preko maksimalne dozvoljene udaljenost od 6 Å izmeñu teških atoma s lanaca proteina u interakciji. Na temelju odreñenih mjesta interakcija provedena je detaljan statistička analiza i kreiran je binarni klasifikator za predviñanje interakcija. Klasifikacija je provoñena temeljem slijeda aminokiselinskih ostataka koji tvore lanac proteina i odgovarajućih profila slijeda. Rezultati ostvareni u radu sugeriraju da iako i sekvenca u većoj i profili u manjoj mjeri sadrže informaciju koja je korisna za klasifikaciju, oni sami nisu dovoljni za visoke rezultate klasifikacije mjerljive preko preciznosti i odziva. Rezultati statističke analize ukazuju na to da su korišteni skupovi po sastavu i svojstvima vrlo slični, iako bi bilo pogrešno tvrditi da si potpuno odgovaraju po svojstvima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekti:
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Jeren, Branko, MZOS ) ( POIROT)

Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)

Avatar Url Juraj Petrović (autor)

Poveznice na cjeloviti tekst rada:

Pristup cjelovitom tekstu rada complex.zesoi.fer.hr

Citiraj ovu publikaciju:

Petrović, Juraj
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Petrović, J. (2010) 'Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma', diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Petrovi\'{c}, J.}, year = {2010}, pages = {49}, keywords = {Predvi\~{n}anje proteinskih interakcija, Neredundantni skup, Algoritam slu\v{c}ajnih \v{s}uma, Sekvenca, Evolucijski profili, Redundancija, Matrica pogre\v{s}ke}, title = {Predvi\djanje mjesta proteinskih interakcija koriste\'{c}i algoritam slu\v{c}ajnih \v{s}uma}, keyword = {Predvi\~{n}anje proteinskih interakcija, Neredundantni skup, Algoritam slu\v{c}ajnih \v{s}uma, Sekvenca, Evolucijski profili, Redundancija, Matrica pogre\v{s}ke}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Petrovi\'{c}, J.}, year = {2010}, pages = {49}, keywords = {Prediction of proteinHprotein interactions, NonHredundant dana set, Random Forests algorithm, Sequence, Evolution profiles, Redundancy, Error matrix}, title = {Prediction of protein-protein interactions using Random Forests}, keyword = {Prediction of proteinHprotein interactions, NonHredundant dana set, Random Forests algorithm, Sequence, Evolution profiles, Redundancy, Error matrix}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font