Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija (CROSBI ID 368377)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Petrović, Juraj
Jeren, Branko
Šikić, Mile
hrvatski
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija
Izrada neredundantnog testnog skupa postupak je koji prethodi mnogim istraživanjima strukture proteina i aktivnih dijelova njihove površine koji imaju funkciju mjesta interakcije. Traženi neredundantni testni skup u ovom radu definiran je kao skup tranzijentnih biološki funkcionalnih multimerskih kompleksa sa bar dva lanca duljine više od 30 aminokiselina, rezolucije najviše 2.5Å , koji nisu teoretski modeli ili NMR strukture i nemaju međusobnu sličnost lanaca veću od 30%. Početni skup struktura dobiven je iz RSCB PDB baze i analizom svojstava u odnosu na zadana u njemu su ostavljene samo zadovoljavajuće strukture. Osim parsiranja PDB datoteka, primjene metode obuhvaćaju i propuštanje kroz PISA poslužitelj, te korištenje dodatnih informacija o tranzijentnosti kompleksa iz UniProt baze. U rezultantnom skupu još su samo uklonjeni proteini sa sličnošću lanaca većom od 30% pomoću cluster 30% datoteke sa UniProt Web sjedišta.
neredundantni testni skup; proteini; proteinska struktura; proteinske interakcije; amino kiseline
nije evidentirano
engleski
The automated construction of a testing set for predicting of protein interactions
nije evidentirano
non-redundant testing set; proteins; protein structure; protein interactions; amino acids
nije evidentirano
Podaci o izdanju
38
03.07.2008.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb