Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 547232

Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija


Petrović, Juraj
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija, 2008., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 547232 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija
(The automated construction of a testing set for predicting of protein interactions)

Autori
Petrović, Juraj

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2008

Stranica
38

Mentor
Jeren, Branko

Neposredni voditelj
Šikić, Mile

Ključne riječi
neredundantni testni skup; proteini; proteinska struktura; proteinske interakcije; amino kiseline
(non-redundant testing set; proteins; protein structure; protein interactions; amino acids)

Sažetak
Izrada neredundantnog testnog skupa postupak je koji prethodi mnogim istraživanjima strukture proteina i aktivnih dijelova njihove površine koji imaju funkciju mjesta interakcije. Traženi neredundantni testni skup u ovom radu definiran je kao skup tranzijentnih biološki funkcionalnih multimerskih kompleksa sa bar dva lanca duljine više od 30 aminokiselina, rezolucije najviše 2.5Å , koji nisu teoretski modeli ili NMR strukture i nemaju međusobnu sličnost lanaca veću od 30%. Početni skup struktura dobiven je iz RSCB PDB baze i analizom svojstava u odnosu na zadana u njemu su ostavljene samo zadovoljavajuće strukture. Osim parsiranja PDB datoteka, primjene metode obuhvaćaju i propuštanje kroz PISA poslužitelj, te korištenje dodatnih informacija o tranzijentnosti kompleksa iz UniProt baze. U rezultantnom skupu još su samo uklonjeni proteini sa sličnošću lanaca većom od 30% pomoću cluster 30% datoteke sa UniProt Web sjedišta.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekti:
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Jeren, Branko, MZOS ) ( POIROT)

Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)

Avatar Url Branko Jeren (mentor)

Avatar Url Juraj Petrović (autor)

Poveznice na cjeloviti tekst rada:

Pristup cjelovitom tekstu rada complex.zesoi.fer.hr

Citiraj ovu publikaciju:

Petrović, Juraj
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija, 2008., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Petrović, J. (2008) 'Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija', diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Petrovi\'{c}, J.}, year = {2008}, pages = {38}, keywords = {neredundantni testni skup, proteini, proteinska struktura, proteinske interakcije, amino kiseline}, title = {Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija}, keyword = {neredundantni testni skup, proteini, proteinska struktura, proteinske interakcije, amino kiseline}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Petrovi\'{c}, J.}, year = {2008}, pages = {38}, keywords = {non-redundant testing set, proteins, protein structure, protein interactions, amino acids}, title = {The automated construction of a testing set for predicting of protein interactions}, keyword = {non-redundant testing set, proteins, protein structure, protein interactions, amino acids}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font