hrvatski

Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata

Prianjanje proteina (engl. Protein Docking) proučava mogućnosti stvaranja proteinskih kompleksa. U ovom radu korištena je SPF metoda (engl. Spherical Polar Fourier) koja ljuske proteina rastavlja u redove trodimenzionalnih baznih funkcija. U prvom poglavlju objašnjeni su matematički fundamenti potrebni za razumijevanje algoritma prianjanja proteina. U drugom poglavlju opisuju se ljuske proteina, njihov razvoj u red baznih funkcija, rotacija i numerička metoda translacije ljusaka tj. generiranja translacijskih matrica. Poglavlje tri opisuje način ocjene komplementarnosti površina proteina. U ovom poglavlju se daje potpuni izvod brzog algoritma prianjanja proteina koji je korišten u ovom radu. Poglavlje četiri opisuje implementaciju slijedne i paralelne verzije brzog algoritma za prianjanje proteina. Poglavlje pet opisuje provedene testove i dobivene rezultate. Provedeni su testovi nad 3HFL i 1AY7 proteinskim kompleksima. Detektirane su kristalografske strukture što upućuje na točnost implementirane metode. Takoner su pokazana dobivena ubrzanja sa novim brzim algoritmom prianjanja proteina. Dobivena su ubrzanja preko sedam puta u slijednom algoritmu u praktičnim uvjetima. U paralelnom algoritmu su dobivena ubrzanja do 14 puta za praktične uvjete i ispitano je 136 milijuna konformacija po kompleksu.

prianjanje proteina; sferni harmonici; radijalne funkcije

nije evidentirano