Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 487678

Sinteza urea-fenantridinskih derivata te ispitivanje interakcija s nukleinskim kiselinama u vodenom mediju


Radić Stojković, Marijana
Sinteza urea-fenantridinskih derivata te ispitivanje interakcija s nukleinskim kiselinama u vodenom mediju 2009., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


Naslov
Sinteza urea-fenantridinskih derivata te ispitivanje interakcija s nukleinskim kiselinama u vodenom mediju
(Synthesis of urea-phenanthridinium derivatives and their interactions with nucleic acids in aqueous media)

Autori
Radić Stojković, Marijana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
15.05

Godina
2009

Stranica
115

Mentor
Ivo Piantanida

Ključne riječi
Urea ; (bis)fenantridini ; interkalatori ; nakupljanje u utor ; polinukleotidi ; selektivnost vezanja ; fluorescencijska selektivnost ; vodikove veze
(Urea ; (bis)phenantridines ; intercalators ; groove agglomeration ; polynucleotides ; selectivity of binding ; fluorescence selectivity ; hydrogen bonds)

Sažetak
U okviru ove disertacije pripravljeni su i spektroskopski okarakterizirani novi derivati fenantridina i uree 3-12 te prekursori tih spojeva, 1-2. Interakcije spojeva 6-8 s nukleotidima te spojeva 3, 6-8 i 10-12 s dvolančanim polinukleotidima u vodenim otopinama ispitane su fluorimetrijskim, UV/Vis i CD titracijama te određivanjem točke mekšanja. Na osnovu razlika u vrijednostima molarnih ekstinkcijskih koeficijenata spojeva 3, 6-8, njihovim fluorescencijskim intenzitetima i pK vrijednostima, moglo se zaključiti da određene pK vrijednosti tih spojeva vjerojatno ovise o duljini spojnice između dvaju fenantridina, a time i o određenom stupnju intramolekulskih aromatskih interakcija. Vrijednosti konstanti stabilnosti za komplekse spojeva 6-8 s nukleotidima (log Ks = 2 – 3) vrlo su slične što ukazuje na činjenicu da su interakcije slaganja vjerojatno dominantne sile u tvorbi kompleksa. Na temelju fluorimetrijskih titracija pokazalo se da je afinitet vezanja spojeva 3, 6-8 i 10-12 sa svim korištenim polinukleotidima podjednak i na pH = 5 i na pH = 7 (log Ks = 5 – 6). Izuzetak su konstante stabilnosti spojeva 6 i 7 sa poli G–poli C. Takav rezultat može se objasniti nakupljanjem molekula tih spojeva unutar hidrofobnih utora polinukleotida, ali i mogućim prepoznavanjem parova baza G-C od strane bis-urea mostova tih spojeva. Kod spojeva 3, 8 i 10-12 uočeno je gašenje fluorescentne emisije prilikom vezanja na polimere G-C. Takav nalaz vjerojatno je rezultat jakih aromatskih interakcija slaganja fluorofora sa polinukleotidom te podupire interkalativni način vezanja tih spojeva u te polinukleotide. Spojevi 3, 8 i 12, stabiliziraju dvostruku uzvojnicu poli A–poli U za razliku od ostalih ispitivanih spojeva. Ti rezultati kao i uočeni mali pozitivni ICD signali u području valnih duljina većim od 300 nm, upućuju na interkaliranje kao dominantan način vezanja u dvostruku uzvojnicu poli A–poli U. Na osnovu vrijednosti Tm dobivenih za stabilizaciju dvolančanih DNA sa spojem 6 i značajnog smanjenja intenziteta CD spektara ispitivanih polinukleotida, može se pretpostaviti da se dominantni način vezanja spoja 6 dešava unutar manjeg utora dvolančane DNA.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
098-0982914-2918 - Dizajn, sinteza i ispitivanje interakcija malih molekula s DNA, RNA i proteinima (Ivo Piantanida, )

Ustanove
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Autor s matičnim brojem:
Marijana Radić Stojković, (239395)