Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 486805

Karakterizacija retrotranspozona Ty3/gypsy u rodovima Anemone i Pulsatilla.


Harapin, Jan
Karakterizacija retrotranspozona Ty3/gypsy u rodovima Anemone i Pulsatilla. 2010., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


Naslov
Karakterizacija retrotranspozona Ty3/gypsy u rodovima Anemone i Pulsatilla.
(Characterisation of Ty3/gypsy retrotransposon from Anemone and Pulsatilla)

Autori
Harapin, Jan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
30.09

Godina
2010

Stranica
47

Mentor
Besendorfer, Višnja

Neposredni voditelj
Mlinarec, Jelena

Ključne riječi
Anemon; Pulsatilla; LTR -etrotranspozon; Ty3/gypsy
(Anemon; Pulsatilla; LTR retrotransposon; Ty3/gypsy)

Sažetak
U ovom radu istražene su značajke LTR-retrotranspozona iz skupine Ty3/gypsy u vrstama iz rodova Anemone i Pulsatilla. Istraživanja su provedena na temelju rezultata dobivenih na vrsti A. hortensis kod koje je izolirana porodice AhDR pokazala sličnosti s retroelementima iz skupine Ty3/gypsy i raspršenu organizaciju u genomu. U ovom radu željelo se utvrditi da li je porodica AhDR dio većeg retroelementa u vrsti A. hortensis kao i u srodnim vrstama A. nemorosa, A. coronaria te Pulsatilla rubra i P. grandis. Upotrebom degeneriranih početnica, dizajniranih na temelju gena za reverznu transkriptazu i integrazu karakterističnih za Ty3/gypsy retroelemente, u lančanoj reakciji polimerazom (PCR) umnoženi su fragmenti duljine od 2018 pb kod vrste A. hortensis do 2259 pb kod vrste P. grandis. Na temelju usporedbe aminokiselinskog slijeda umnoženih fragmenata iz svih vrsta s podacima iz banke gena dokazana je homologija s Ty3/gypsy retroelementima iz drugih vrsta te očuvanost gena za reverznu transkriptazu (RT), Rnazu H (RH) i integrazu (INT). Usporedna analiza porodice AhDR i klonova dobivenih u ovom radu pokazala je da je porodica AhDR dio Ty3/gypsy retroelementa. Klon AhRT_INT pokazao je najmanji stupanj očuvanosti aminokiselinskih slijedova za RT, INT i RH u odnosu na ostale istraživane vrste što upućuje na to da ta vrsta nema očuvanu cjelovitu kopiju Ty3/gypsy retroelementa u genomu.Tome u prilog govori i velika zastupljenost (8%) retroelementa u genomu vrste A. hortensis, dok kod vrste P.rubra on zauzima samo 0, 47%, a kod vrste A. coronaria 0, 24% genoma. Filogenetska analiza pokazala je da se retroelementi iz istraživanih vrsta grupiraju zajedno u zasebnu skupinu ali se nalaze zajedno u istom kladu s retroelementima Ty3/gypsy iz vrsta Solanum demissum, Ananas comosus, Lillium henryi i Vitis vinifera. Obzirom da je povezanost ove dvije skupine retroelemenata vrlo slaba (ispod 50% bootstrap vrijednosti) može se reći da se radi o retroelementima koji su zasebno evoluirali.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
119-1191196-1201 - Organizacija, funkcija i mehanizmi evolucije biljnog genoma (Višnja Besendorfer, )

Ustanove
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb