hrvatski

Procjena razine slučajne korelacije pri modeliranju strukturnih svojstava proteina

Modeliranje strukturnih svojstava proteina na temelju njihove strukture veliki je izazov računalne strukturne biologije i molekularne biofizike. Osobito su zanimljiva nastojanja za što boljom procjenom konstanti svijanja i razmotavanja proteina na temelju informacije iz primarne strukture proteina, broja i fizikalno-kemijskih svojstava aminokiselinskih ostataka u proteinu te udjela pravilnih sekundarnih struktura u proteinima. Konstante svijanja i razmotavanja predstavljaju vrijeme (jedinica 1/s) koje je potrebno kako bi protein poprimio ravnotežnu svijenu strukturu, odnosno vrijeme potrebno za razmotavanje proteina. Na primjerima modela razvijenih za predviđanje konstanti svijanja [1] i razmotavanja [2] proteina (za koje su autori naveli visoke parametre kvalitete) utvrdili smo da modeli sadrže previše parametara koji nisu statistički značajni s obzirom na ukupan broj proteina korištenih za razvoj modela, i proveli provjeru stabilnosti modela s obzirom na preciznost i distribuciju vrijednosti ulaznih parametara. Koristeći iste eksperimentalne podatke razvili smo modele temeljene na slučajnim ulaznim parametrima (koji odgovaraju strukturnim svojstvima proteina), procijenili njihovu točnost i usporedili tako dobivene slučajne modele s modelima iz literature. Proizlazi da je objavljena visoka točnost modela u ref. [2] posljedica slučajne korelacije, a modeli su izrazito nestabilni. Za modele dobivene na malom broju proteina točnost razvijenih slučajnih modela vrlo je blizu (a ponekad i viša) od točnosti objavljenih modela, što je važna informacija u planiranju daljnjih istraživanja u tom području.

protein structural properties; folding/unfolding; modeling; random correlation; model stability estimate

nije evidentirano