Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 456309

Retrotranspozoni kao alat za ciljanu inaktivaciju gena i otkrivanje DNA polimorfizma u biljaka


Malenica, Nenad
Retrotranspozoni kao alat za ciljanu inaktivaciju gena i otkrivanje DNA polimorfizma u biljaka // Zbornik sažetaka, 10. Hrvatski biološki kongres / Besendorfer, V (ur.).
Zagreb: HBD 1885, 2009. str. 54-55 (pozvano predavanje, nije recenziran, sažetak, znanstveni)


Naslov
Retrotranspozoni kao alat za ciljanu inaktivaciju gena i otkrivanje DNA polimorfizma u biljaka
(Retrotransposons as tools for gene tageting and DNA polymorphism detection in plants)

Autori
Malenica, Nenad

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Zbornik sažetaka, 10. Hrvatski biološki kongres / Besendorfer, V - Zagreb : HBD 1885, 2009, 54-55

ISBN
978-953-6241-07-1

Skup
10. Hrvatski biološki kongres

Mjesto i datum
Osijek, Hrvatska, 14.-20. rujna 2009

Vrsta sudjelovanja
Pozvano predavanje

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
Retrotranspozoni; ciljana inaktivacija gena
(Retrotransposons; gene targeting)

Sažetak
Tehnologija ciljane inaktivacija gena (gene targeting) homolognom rekombinacijom (HR) u embrionskim matičnim stanicama sisavaca razvijena je tijekom 80-ih godina prošlog stoljeća. Uspješnost ove strategije, za koju je 2007. godine dodijeljena i Nobelova nagrada, temeljila se na relativno visokoj učestalosti HR u somatskim stanicama miša te izrazito učinkovitom sustavu pozitivno-negativne selekcije. Primjenom ove tehnologije omogućena je precizna inaktivacija gena po izboru ili pak ugradnja gena-biljega u točno definiran lokus genoma miša. S druge strane, tehnologija transformacije biljaka danas raspolaže sa dva pouzdana alata: tzv. genskim pištoljem (gene gun) te bakterijom Agrobacterium tumefaciens. Međutim, u oba slučaja ugradnja strane DNA odvija se nasumično, pretežno procesom ilegitimne rekombinacije. U tehnologiji stvaranja genetički modificiranih biljaka, između ostalog i radi (pre)osjetljivosti javnosti na ovu temu, bilo bi izuzetno bitno imati kontrolu nad mjestom ugradnje strane DNA u biljni genom. Jedan od naših projekata ispituje mogućnost ciljane inaktivacije točno određenih gena uročnjaka upotrebom retrotranspozona duhana Tto1. Ideja se temelji na manipulaciji procesa reverzne transkripcije, ključnog koraka u životnom ciklusu retrotranspozona, u svrhu proizvodnje supstrata (cDNA) za HR. Klasičnom transfomacijom stvorili smo nekoliko transgenih linija uročnjaka (Arabidopsis thaliana) s različitim varijantama retrotransozona Tto1. Pomoću tih linija pokušali smo odgovoriti na sljedeća pitanja: a) da li se Tto1 prepisuje u novom domaćinu, b) da li je moguće u Tto1 ugraditi neki gen-biljeg, a da se time ne naruši proces replikacije retrotranspozona, i konačno c) da li se umjesto gena-biljaga u retrotranspozon može ugraditi neki gen iz uročnjaka koji može poslužiti kao supstrat za homlognu rekombinaciju. Ovom prigodom bit će predstavljeni dosadašnji rezultati. U drugom dijelu predavanja ukratko će biti predstavljen još jedan način upotrebe retrotranspozona, ovaj put u svrhu otkrivanja DNA polimorfizama na primjeru vinove loze. Naime, razlikovanje nekoliko tisuća postojećih sorti vinove loze danas se temelji na 6 (odnedavno 9) standardnih mikrosatelitnih (SSR) lokusa. Iako je ovaj sustav efikasan za razlikovanje sorti, nije dovoljno osjetljiv za detekciju unutarsortne varijabilnosti tj. razlikovanje klonova iste sorte. Jedno od potencijalnih rješenja ovog problema leži u metodama IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism), REMAP (Retrotransposon-Microsatelite Amplified Polymorphism) i RBIP (Retrotransposon-Based Insertion Polymorphism). Sve se temelje na poznavanju sekvenci retrotranspozona prisutnim u genomu vinove loze. Gret1, prvi opisani retrotranspozon vinove loze, uzročnik je polimorfizma odgovornog za boju kožice bobice. Ovdje prikazujemo preliminarne rezultate IRAP-a, REMAP-a i RBIP-a, korištenjem Gret1 početnica (primer-a) na klonovima hrvatske sorte Plavca malog Sekvnciranjem genoma vinove loze i anotacijom postojećih retrotransozonskih porodica, mogućnosti primjene spomenutih tehnika postaju praktički neograničene.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
119-1191196-1201 - Organizacija, funkcija i mehanizmi evolucije biljnog genoma (Višnja Besendorfer, )

Ustanove
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Autor s matičnim brojem:
Nenad Malenica, (281684)