Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 444186

Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1


Bertoša, Branimir
Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1, 2007., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


CROSBI ID: 444186 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1
(MOLECULAR MODELLING OF AUXIN MOLECULES AND THEIR INTERACTIONS WITH BINDING PROTEIN – ABP1)

Autori
Bertoša, Branimir

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
26. 04. 2007

Godina
2007

Stranica
122

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
auksin; ABP1; klasifikacija auksina; 3D-QSAR model; simulacije molekulskom dinamikom; simulacije izlaska/ulaska liganda; signalizacijski mehanizam
(auxin; ABP1; classification of auxins; 3D-QSAR; molecular dynamics; simulations of ligand egress/entrance from the receptor binding site; signalling pathway)

Sažetak
Primjenom 3D-QSAR metode provedena je klasifikacija 92 molekule prema auksinskoj aktivnosti. Pored strukturnih obilježja u obzir je uzeta i mogućnost molekule da dospije do veznog mjesta receptora. Pri tome su korištene logP i logD vrijednosti izračunate standardnim programima, ali i vlastitim modelima izgrađenim za predviđanje koeficijenata razdjeljenja auksinskih molekula. Raspodjela logP i logD vrijednosti jasno ukazuje na utjecaj lipofilnosti molekula na njihovu biološku aktivnost. Konačni 3D-QSAR model omogućio je objašnjenje razlika u auksinskoj aktivnosti nekih, strukturno sličnih, molekula. Interakcije auksinskih molekula s veznim proteinom ABP1 istražene su algoritmom Monte Carlo, te simulacijama molekulske dinamike i simulacijama izlaska/ulaska liganda u vezno mjesto receptora. Na temelju rezultata računalnih simulacija (sveukupno 70-80 ns) postavljena je hipoteza o mehanizmu i ulozi ABP1 u auksinskoj signalizaciji koja je u skladu s eksperimentalnim podatcima. Prema toj hipotezi ABP1 je vanstanični auksinski receptor koji se može nalaziti u dvije konformacije koje se prvenstveno razlikuju u položaju C–kraja, a jedna od njih stabilizirana je vezanjem auksinske molekule. Simulacijama izlaska/ulaska liganda u vezno mjesto ABP1 nađeni su putevi u proteinskoj strukturi kojima se auksinska molekula služi za ulazak i izlazak iz aktivnog mjesta.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija



POVEZANOST RADA


Ustanove:
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Profili:

Avatar Url Sanja Tomić (mentor)

Avatar Url Branimir Bertoša (autor)


Citiraj ovu publikaciju

Bertoša, Branimir
Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1, 2007., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Bertoša, B. (2007) 'Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1', doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Berto\v{s}a, B.}, year = {2007}, pages = {122}, keywords = {auksin, ABP1, klasifikacija auksina, 3D-QSAR model, simulacije molekulskom dinamikom, simulacije izlaska/ulaska liganda, signalizacijski mehanizam}, title = {Modeliranje auksinskih molekula i njihove interakcije s veznim proteinom - ABP 1}, keyword = {auksin, ABP1, klasifikacija auksina, 3D-QSAR model, simulacije molekulskom dinamikom, simulacije izlaska/ulaska liganda, signalizacijski mehanizam}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Berto\v{s}a, B.}, year = {2007}, pages = {122}, keywords = {auxin, ABP1, classification of auxins, 3D-QSAR, molecular dynamics, simulations of ligand egress/entrance from the receptor binding site, signalling pathway}, title = {MOLECULAR MODELLING OF AUXIN MOLECULES AND THEIR INTERACTIONS WITH BINDING PROTEIN – ABP1}, keyword = {auxin, ABP1, classification of auxins, 3D-QSAR, molecular dynamics, simulations of ligand egress/entrance from the receptor binding site, signalling pathway}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font