hrvatski

Interakcija atipične arhealne seril-tRNA-sintetaze i pripadne tRNASer

Seril-tRNA-sintetaze (SerRS), koje kataliziraju aminoaciliranje nekoliko izoakceptora tRNASer i tRNASec serinom, mogu se podijeliti u dvije strukturalno različite skupine: bakterijski tip SerRS egzistira kod bakterija, eukariota i većine arheja, dok je metanogeni tip SerRS pronađen samo kod metanogenih arheja. Kako bi se istražila interakcija između metanogene SerRS i tRNASer, primijenjena su dva različita pristupa. Prvo je ispitan i uspoređen udio pojedinih regija tRNA u prepoznavanju kvaščevim, odnosno arhealnim enzimom. Dok se za homologno aminoaciliranje u kvascu akceptorska peteljka tRNA pokazala jako važnom, varijabilna ruka glavna je identitetna domena u oba sustava. U drugom dijelu istraživanja identificirane su aminokiseline u N-terminalnoj domeni metanogenog tipa SerRS koje su važne za vezanje tRNA. Budući da kompleks SerRS:tRNA metanogenog tipa nije kristaliziran, prema modelu vezanja tRNASer na SerRS odabrane su i promijenjene u alanin različite aminokiseline u N-terminalnoj domeni te je testirano njihovo sudjelovanje u vezanju i serilaciji tRNA. Arginin 76, smješten u uzvojnici H2, pokazao se kao ključna aminokiselina za interakciju s tRNA. Zamjena lizina 79, pozicioniranog u uzvojnici H2, i arginina 94, koji se nalazi u omči između uzvojnice H2 i β-lanca A4, ima izrazit efekt na stvaranje kompleksa SerRS:tRNA i na disocijacijske konstante kompleksa SerRS:tRNASer određene metodom SPR (engl. Surface Plasmon Resonance). Alaninska mutageneza arginina 38 (koji se nalazi u omči između uzvojnice H1 i β-lanca A2), lizina 141 i asparagina 142 (nalaze se u uzvojnici H3) i arginina 143 (između uzvojnica H3 i H4) umjereno je utjecala na serilacijsku aktivnost odgovarajućih varijanata i na vrijednosti KD.

identitetni elementi tRNASer; SerRS; kvasac; metanogene arheje; SPR; N-terminalna domena metanogene SerRS; aminokiseline za vezanje tRNA

nije evidentirano